На похоронах, происходивших 4 февраля в церкви Спасителя в Блуа, архиепископ Буржский отдал дань покойной королеве. Он вспоминал о том, как она прибыла во Францию будучи прелестной невестой с богатым приданым, о десяти детях, которых она подарила Генриху II, отметил личную отвагу вдовы короля во время войн. Будь то в Руане или в Гавре, она лично инспектировала и ободряла свои армии, бесстрашно расхаживала среди войск врага. В своей речи он просил прихожан «помнить, что они потеряли добродетельнейшую из королев, благороднейшую из представителей своего народа и семьи, благоразумнейшую в управлении, приятнейшую в беседах, добрейшую и учтивейшую для всех, кто в ней нуждался, преданную и милосердную мать, жену, всегда послушную мужу, но, самое главное, преданнейшую Господу и самую милостивую к бедным из всех королев, когда-либо правивших Францией!»
Хронист Пьер л'Эстуаль описал Екатерину с несколько меньшим почтением: «Ей был семьдесят один год [на самом деле — на два года меньше], и для такой толстой женщины она неплохо сохранилась. Ела она от души, усердно угощалась и не боялась работы, хотя ей досталось больше трудов, чем любой другой королеве, за тридцать лет со дня смерти ее супруга… О ней глубоко скорбели слуги и друзья, но только не ее сын, король… Близкие считали, что убийство Гизов ускорило и ее конец. И это было вызвано не ее дружбой с жертвами (которых она любила на флорентийский манер, то есть извлекала из них пользу), но тем, что она понимала: это послужит во благо короля Наваррского… Увидеть его на троне она боялась пуще всего на свете».
Эстуаль добавляет: поскольку парижане были убеждены, что она приложила руку к убийству герцога де Гиза, ее тело не стали доставлять в столицу, «где его вид не понравился бы горожанам. Но и в Блуа, где ее всегда почитали, где ей поклонялись, как Юноне, с погребением не торопились, а потом обошлись с ней, как с дохлой козой».
Последнее замечание, вероятно, указывает на тот факт, что плохо набальзамированный труп королевы-матери начал ужасно смердеть, и тогда король решил предать его земле на кладбище близ церкви Спасителя, под покровом ночи. И так останкам Екатерины суждено было пролежать в безвестной могиле еще двадцать один год, пока внебрачная дочь Генриха II, добрая Анна Французская, не перевезет тело в ротонду Валуа в Сен-Дени.
Ультракатолики, хотя и потрясенные гибелью своего вождя Гиза и его брата-кардинала, наращивали противодействие королю, который к лету 1589 года заключил союз с Генрихом Наваррским. Вдовая герцогиня де Гиз с младенцем-сыном стали идолами парижан, ее даже называли Святая Вдова. Но со смертью герцога движение католиков-экстремистов раскололось и стало хаотичным. Брат Гиза, герцог де Майенн, не обладавший ни харизмой брата, ни его умом или военными талантами, тем не менее, грезил о троне. Он и его сестра, герцогиня де Монпансье, даже захватили принадлежавший Екатерине «Отель Королевы», где жили покоролевски. Франция, стоящая на грани полного развала, стала чрезвычайно уязвимой для внешних врагов, что не укрылось от внимания Филиппа II и других соседей.
Летом 1589 года король и Генрих Наваррский стояли в Сен-Клу, к юго-западу от Парижа, откуда надеялись вновь захватить столицу. В день 31 июля главный королевский поверенный Жак де Ла Гюсль заметил идущего по дороге к Сен-Клу монаха-доминиканца и остановил его. Когда монаха спросили, что за дело у него близ штаб-квартиры короля, он ответил: «Мое имя — Жак Клеман, я иду из Парижа и несу важное известие его величеству». Он предъявил достоверно выглядевшее рекомендательное письмо, поэтому его допустили в Сен-Клу, где он стал ждать аудиенции. На самом деле этот доминиканец был отшельником, подверженным бредовым состояниям; ему почудился звучавший в голове голос, предписывавший ему, по воле Всемогущего, убить короля.
Генрих, всегда охотно принимавший божьих людей, а особенно такого, который принес известия от преданных ему сторонников в Париже, согласился повидаться с ним в восемь утра на следующий день. В тот вечер Клеман ужинал с де Ла Гюслем и его товарищами. Он оказался общительным человеком и, как вспоминали его сотрапезники, резал мясо собственным острым ножом, ведя беседу о последних событиях в мятежной столице.