В Татищевой Пугачев потерпел жестокое поражение: его армия перестала существовать, была утрачена вся артиллерия. Голицын и Бибиков были уверены, что сражение, во время которого удалось спастись лишь Пугачеву с горсткой сподвижников, положило конец движению. Бибиков делился этими соображениями с князем Волконским: «Теперь я могу почти ваше сиятельство с окончанием всех беспокойств поздравить, ибо одно только главнейшее затруднение и было, но оно теперь преодолено, и мы будем час от часу ближе к тишине и покою»
[134]. Уверенность в близком окончании мятежа разделяла и императрица, извещавшая Бьельке о решительном поражении Пугачева.Однако желанной «тишины и спокойствия» карателям пришлось ожидать почти полгода, хотя их победа и оказала серьезное влияние на ход событий в Оренбургском крае. Прежде всего была снята блокада с Оренбурга и Уфы. Под Уфой пугачевцами командовал Зарубин-Чика, возведенный Пугачевым в ранг графа Чернышова. Обложенная 24 ноября 1773 года со всех сторон Уфа сопротивлялась силами гарнизона и жителей города. Несмотря на многочисленность войск, достигавших в иные дни 20 тысяч человек, осаждавшие никак не могли овладеть крепостью. Иногда им даже удавалось ворваться в нее, но каждый раз приходилось откатываться на исходные рубежи.
Конец осаде Уфы положило сражение у Чесноковки 24 марта 1774 года, в ходе которого правительственные войска под командой подполковника Михельсона одержали победу. Они захватили более полутора тысяч пленных и 25 пушек. Зарубин-Чика, бежавший в Табынск, был схвачен казаками и выдан карателям.
После двух крупных поражений начался второй этап крестьянской войны. Основные события этого этапа развернулись на горнозаводском Урале, а главной опорой восставших стали горнозаводское население Южного Урала и башкиры. Из приписных крестьян и мастеровых людей формировались сотни и полки повстанческой армии. Здесь проявили себя такие вожаки движения, как Белобородов и Салават Юлаев.
Второй этап крестьянской войны отличался некоторыми особенностями. Одна из них состояла в отсутствии единодушной поддержки населения, наблюдавшейся на первом этапе. Объясняется это усилением разбойного элемента в движении.
Прибывавшие на завод пугачевские отряды из русских и особенно башкир изымали заводскую казну, предназначавшуюся для оплаты труда заводских работников, грабили заводское население, отбирая у него домашнее имущество и скот, разрушали заводы, работа на которых составляла основной источник существования заводского населения, чинили насилие над женами и детьми.
Если на первом этапе пугачевцы берегли заводы, поставлявшие им пушки и ядра, то теперь, под натиском карателей, вынуждены были оставлять их, предварительно подвергнув сожжению или разрушению. Иногда распоряжения о сожжении заводов исходили от Пугачева, иногда от его соратников. Так, 2 мая 1774 года, перед уходом с Белорецкого завода, Пугачев дал чудовищную команду «…семейства крестьянские, престарелых, малолетних и женск пол гнать за своей толпой, а заводские и крестьянские строения выжечь». Салават Юлаев и его отец Юлай получили распоряжение Пугачева, «чтоб собрав нам команды свои, чинить разорение стоящим по Сибирской дороге заводам и их сжигать, устращивая, что естли мы сего чинить не будем, то он нас вырубит». Воскресенский завод, в свое время отливавший пушки для повстанческой армии, был сожжен башкирами, которые предварительно «обывателей с того завода, как мужеска, так и женска полу, не оставливая ни одного человека, выгнали»
[135].На одних заводах крестьяне и работные люди добровольно записывались в пугачевские отряды (Воскресенский, Богоявленский, Архангельский и др.), на других — по мобилизации, которой сопротивлялись (Белорецкий, Авзяно-Петровский, Вознесенский и др.), на третьих — не только не примкнули к восстанию, а напротив, выступили против повстанцев. По подсчетам А. И. Андрущенко, примкнуло к восстанию население 64 заводов, а выступило против него — 28-ми. Организаторами сопротивления выступали заводовладельцы и их приказчики.
Промышленник А. Ф. Турчанинов в январе 1774 года остановил три принадлежавших ему завода и заставил работных людей возвести вокруг них укрепление: обнести рогатками, надолбами и валами из снега, облитого водой. «В пристойных местах были поставлены пушки». Когда отряд пугачевцев внезапно ворвался на территорию Сысертского завода, то, по словам Турчанинова, сформированный им отряд в 300 человек «единственно неустрашимой своею храбростью, не только с немалым с неприятельской стороны уроном, поразя, вон с завода выгнали, но и, славно опрокинув, в бегство прогнали». Общая сумма, израсходованная на оборону заводов и заводских поселков, по данным Турчанинова, несомненно преувеличенным, равнялась 39 839 рублям.