Перестройка работы речного транспорта для нужд войны потребовала срочного решения ряда задач, и в первую очередь проблемы кадров, топлива, повышения скорости доставки грузов.
Военная обстановка потребовала широкого привлечения молодежи и женщин для замены значительной части призванных в армию квалифицированных кадров: водителей и обслуживающего персонала судов, работников пристаней, рабочих судоремонтных мастерских и путевого хозяйства. В короткий срок новые кадры речного транспорта были обучены судоходному делу.
В связи с ограниченным поступлением нефтепродуктов был осуществлен перевод речного флота с жидкого на твердое, дровяное топливо.
Война потребовала приспособить речные суда для работы в боевой обстановке. Судовые команды военизировались, обучались ремонтным специальностям, снабжались аварийными материалами, что давало возможность в случае повреждения производить ремонт судов на плаву.
В условиях войны судовождение неизмеримо осложнилось тем, что вследствие постоянной угрозы нападения с воздуха проходило в основном в ночное время при затемнении огней на судах, пристанях и причалах. Вначале это обстоятельство привело к замедлению скорости движения судов и увеличению числа аварий, но по мере накопления опыта речники преодолели эти трудности, несмотря на недостаток опытных лоцманов.
Речники проявили много инициативы, технической выдумки, чтобы обеспечить наиболее полное и рациональное использование флота. Так, с целью повышения скорости доставки грузов стали использовать в качестве буксиров пассажирские паротеплоходы, не имевшие буксировочных приспособлений. Для этого речники изыскали новый способ буксировки барж. На ряде узловых пристаней производилось переоборудование причалов для погрузки тяжеловесных и громоздких военных грузов.
Большинство водных магистралей Запада, Юга и центральных областей страны в начале войны стали прифронтовыми путями сообщения. Работа водников проходила в условиях налетов вражеской авиации и артиллерийского обстрела. Проявив мужество и высокий патриотизм, речники с честью выполнили поставленные перед ними задачи: своевременно доставляли грузы для фронта и народного хозяйства, быстро ремонтировали и вводили в строй суда, пострадавшие от вражеского обстрела, наводили переправы и вместе с военными моряками речных флотилий сражались за Родину.
В навигацию 1941 г. работники водного транспорта выполнили огромную работу по перевозке оборудования и населения, эвакуируемого из угрожаемых районов. Речники Днепро-Двинского, Северо-Западного и Волжского бассейнов навели 46 переправ по среднему и нижнему течению Днепра и на Десне, которые сыграли большую роль в эвакуационных перевозках и обеспечении перевозочных нужд Красной Армии.
Речной флот активно участвовал в комбинированных перевозках, когда часть пути грузы следовали по железной дороге, затем перегружались на речной транспорт, а с него — вновь на железнодорожный. Главная цель комбинированных перевозок состояла в том, чтобы максимально разгрузить железнодорожный транспорт и высвободить его подвижной состав для перевозок военной техники, воинских частей, важнейших народнохозяйственных грузов.
Наибольший объем перевозок пришелся на долю центральных бассейнов страны, особенно на Московское и Волжское пароходства. Только из московского Южного порта во время эвакуации ушло с людьми и грузами 437 пассажирских судов и 216 буксиров с 458 баржами. В июле 1941 г. из Москвы было отправлено 218 пассажирских судов и десятки барж, на которых эвакуировалось 110 тыс. человек. Столь значительных речных перевозок Московский порт не выполнял даже в мирное время. Так, за всю навигацию 1940 г. из Москвы на дальние расстояния было отправлено речным флотом 161 тыс. человек. Огромный объем перевозок эвакуированного населения выполнили речники Верхней Волги, где эвакуацией было занято более 1028 пароходов. За навигацию 1941 г. речники Верхневолжского пароходства перевезли 613 тыс. человек, а Нижневолжского — 220 тыс. человек14
.Речной транспорт сыграл выдающуюся роль в обороне города Ленина, во всей боевой деятельности войск Ленинградского фронта и Краснознаменного Балтийского флота.
Когда в ходе упорных, ожесточенных боев в конце августа 1941 г. противнику ценой огромных потерь удалось прорваться к Неве в районе Ивановских порогов, занять Шлиссельбург, выйти на Свирь и замкнуть кольцо блокады, флот Северо-Западного пароходства лишился возможности доставлять грузы в Ленинград по транзитной водной магистрали и единственным путем, который связывал Ленинград со страной, осталось Ладожское озеро.
Немецко-фашистские захватчики нанесли тяжелый урон речному хозяйству Северо-Западного бассейна. Полностью был выведен из строя крупнейший Новгородский водный узел. Все его причалы, пристани, предприятия были взорваны или сожжены. Подверглись разрушению порты, причалы и большой судоремонтный завод Петрокрепости. Большие повреждения были нанесены хозяйству других участков бассейна.