После смерти Амира Тимура Халил Султан (сын Мироншаха), незаконно занявший престол Самарканда, в целях оправдания своих действий объявил девятилетнего Мухаммада Джахангира, сына покойного наследного принца Мухаммада Султана (и племянника Пирмухаммада Султана) ханом, и тем самым укрепляет власть.
Халил Султан был экстравагантен и украсил мавзолей своего деда различными драгоценными материалами и тканями вопреки исламским убеждениям. Чтобы понравиться эмирам, главнокомандующем и полководцам, он развеял прах несметного сокровища, которое Амир Тимур собирал за 35 лет (за четыре с половиной года своего царствования) (если бы не это сокровище он не смог бы править ни одного дня). Дело в том, что власть над этим поэтическим принцем, преданного вечеринкам, газелям и разбазариванию государственной казны, принадлежало его жене Шодмулк и это часто вызывала гнев у придворных. Эта женщина сначала была наложницей Амира Сайфуддина, а позже соблазнила Халила Султана. Из-за этого система государственной работы была нарушена, известные деятели были уволены, а работа правительства была передана преступникам.
Когда-то властелин Амир Тимур приказал казнить эту женщину за то, что она вскружила голову принцу Халил Султану (ибо властелин понял, на что были способны ее козни, а дальнейшие события показали, насколько Амир Тимур был прав). Однако вмешиваются другие принцессы и спасают ее. Когда к власти пришел Халил Султан, эта женщина раздала новым эмирам всех благосклонных к ней принцесс. Историки всех времен подчеркивали, что падение власти Халил Султана началось с этой непритязательной женщины. В результате в 1409 году Амир Худойдад, один из министров Халила Султана, поднял мятеж, сверг его с престола и заключил в крепость Шахрухия.
Шахрух-мирза, опасавшийся, что трон Самарканда выйдет из-под контроля династии Тимуридов, пришел из Герата с большим войском и занял Самарканд. После этого освободил Халила Султана из крепости Шахрухия, отпустил грехи племянника и отправил его правителем город Рэй. Халил Султан прожил в том регионе два года, заболел и вскоре умер 16 раджаба 814 года (3 ноября 1411 года). В Самарканде правителем был назначен старший сын Шахруха Улугбек Мирза. Так начинается период почти сорокалетнего правления и научной деятельности Улугбека Мирзы в Самарканде.
А теперь идите направо к дверям мавзолея по длинному коридору (мионсарай), построенному во времена Улугбека Мирзы. Старинная светлая дверь, ведущая со двора, малоузорная, и на каждом ее слое написано по-персидски:
(да будет хороший исход дела), и в куфическом стиле написан аят «Al-mulku lillah» (все имущество принадлежит Аллаху).
Арка над входной дверью состоит из трех частей надписей, справа: «Olloh jalla jalalahu, Marqadu sulton Amir Temur Ko'ragon», Аллах дарует (Амиру Тиемуру) рай и заканчивается словами: «Султан-уз-заман».
На стене у входа в коридор который был построен Улугбеком висит портрет Амира Темура. Пройдя по коридору вы увидите макет комплекса Гури Амир, генеологическое дерево Темура и карту военных походов Темура.
Вторая древняя дверь, ведущая в гробницу (паломническую) после прохождения длинного коридора, сравнительно богато украшена, и на ней также написаны надписи на вышеупомянутой двери. При входе в мавзолей, насколько мы можем сосчитать, на его позолоченных внутренних стенах 2352 раза написано слово «Мухаммад», а на потолке много раз написано «Аллаху Акбар». По бокам и сзади восьмигранного здания несколько раз повторяется надписи «Мухаммад – раб Аллаха!». Настенные мукарны мавзолея и купольные надписи выполнены полностью из золота, и под голубым небом, наверное, нет такого украшенного мавзолея в мире. Внутри мавзолей с четырех сторон окаймлен четырьмя крыльцами.
Выше есть хадис: «Отвернись от мира прежде чем мир не отвернется от тебя,».
В нижнем ярусе величественного купола мавзолея снаружи написано: «“Al-mulku-lillah, al-baqiulloh» (Имущество принадлежит Богу, Бог вечен).
Внутри мавзолея над куполом висела огромная люстра золотого цвета. Стеклянные лампы также освещали окружающие стены. В наше время неудивительно, что эти люстры украшают залы какихто зарубежных музеев.
Когда Шахрух Мирза занял Самарканд, он убрал из мавзолея лишние предметы, украшенные Халилом Султаном. Согласно «Истории Темура» историка Ибн Арабшаха, после того, как Амир Тимур был захоронен в мавзолее, на стены мавзолея были вывешены боевые орудия и оружие Амира Тимура. Все это снаряжение было украшено драгоценными камнями, самый дешевый из которых равнялся годовому налогу провинции. Кроме того, внутри мавзолея уложены шелковые и бархатные ковры. Однако, поскольку пышно украшать мавзолей было не по шариату, по распоряжению Шахрукх Мирзы излишки были изъяты, а ценные сданы в казну.