Платоновская академия после смерти основателя знавала самые разные времена. Ближайшие преемники Платона попытались ввести его культ, жестко догматизировать его учение, а в 266 году до н. э., после прихода к руководству Академией Аркесилая, в ней начал доминировать скептицизм, то есть стремление к чистой постановке различных философских вопросов, когда любая проблема исследуется таким образом, что никакого окончательного решения не принимается (и, по большому счету, как отмечает Юрий Шичалин, этот скептический подход, стремление постоянно возвращаться к атмосфере живого диалога, был вполне в русле исходного учения самого Платона).
В 87 году до н. э. знаменитый римский полководец Сулла в ходе осады греческой столицы вырубил рощу вокруг Академии для походных нужд, и это неприглядное мероприятие в итоге привело к прекращению ее функционирования в месте, выбранном Платоном. Причем, как полагают многие исследователи, начиная с середины 80-х годов до н. э. и вплоть примерно до середины II века н. э. она фактически вообще не существовала как институт. Постепенное ее возрождение началось после того, как римский император-философ Марк Аврелий распорядился вновь открыть и содержать на государственные деньги в Афинах четыре философские кафедры, одной из которых была платоновская.
Однако, по мнению Юрия Шичалина, реальное восстановление Платоновской академии произошло лишь с конца IV века благодаря активным усилиям новой яркой плеяды последователей платоновского учения — Плотина, Порфирия, Плутарха Афинского, Сириана и, наконец, Прокла, во время 50-летнего руководства которого (435–485 годы) она вновь стала одним из самых мощных интеллектуальных центров античного мира.
Плотин получил образование в философских кружках Александрии, где господствовал платонизм и откуда вышел и великий христианский философ Ориген. В 242 году, желая познакомиться с философией персов и индийцев, Плотин сопровождал императора Гордиана III в персидском походе. В 243-м или в 244 году он вернулся в Рим, где основал собственную школу и начал преподавать.
Это была эпоха, которую сторонники традиционных римских ценностей воспринимали как время решительного боя с набравшим силу христианством. И Плотин предложил систему, которая собрала вместе все то, что тогда считалось языческой философией. Писания Плотина, которые не выходили за пределы кружка его учеников, были отредактированы его учеником Порфирием примерно в 305 году — будто бы, как пишет американский философ и социолог
Рэндалл Коллинз , специально для того, чтобы пустить их в ход в период смертельной схватки с христианством. Неоплатонические школы стали центром политической оппозиции христианству и вели кампании за реставрацию традиционных культов. Особенно во времена императора Юлиана Отступника, запретившего христианам преподавать в философских школах, финансируемых государством. Как заметил Юрий Шичалин, «потому что это было государственное дело. А всякий государственный служащий должен почитать признаваемых императором богов и его самого почитать как бога». Хотя многие выдающиеся христианские деятели и философы учились в этих школах.По Плотину, мировой процесс начинается с непостижимого и невыразимого божественного первоединого начала, которое проявляется вовне через своего рода истечение (эманацию) — сначала как мировой ум, затем как душа мира, далее как единичные души, как единичные тела, вплоть до материи, под которой Плотин разумеет небытие. Цель человеческой жизни, по Плотину, — восхождение к первоединому. Достигается она посредством сдерживания и обуздания телесных влечений, а также развитием духовных сил, в том числе познавательных. На высшей, экстатической ступени восхождения душа воссоединяется с богом.
Последним великим мыслителем языческой философии был последователь Плотина Прокл, возглавивший Платоновскую академию в Афинах около 450 года. Занимая еще более антихристианские позиции, он был истово религиозен и соблюдал все священные дни и ритуалы египетского и греческого календарей, а также всех мистерий начиная с халдейских и заканчивая орфическими.
Как отмечает Светлана Месяц, «Прокл представляет Платона как пророка, который пришел на Землю, чтобы облагодетельствовать человечество, и принес некое откровенное учение. В его диалогах мы можем вычитать учения о богах, чего, конечно, мы не найдем ни у Платона, ни у ранних его учеников. Афинская школа времен Прокла характеризуется уже полным отсутствием интереса к политике, потому что все подчиняется божественной необходимости, человеческая сфера деятельности очень резко сужена, и свобода воли тоже резко сужена. Но есть представление о каком-то высшем мировом законе, который регулирует все».
«Прокл сделал все, — отмечает Юрий Шичалин, — что можно было сделать для сохранения традиционной Платоновской академии: во многом заново создал инфраструктуру и библиотеку, которая позволяла держать весь круг философского знания в одном месте».