Работа над «Тайной Доктриной» приносила ей радость, уверенность в конечной победе. Она писала Синнету в Лондон из Вюрцбурга: «Я очень занята «Тайной Доктриной». То, что было в Нью-Йорке (имелись в виду картины психографического ясновидения, «внушения». — А. С.), повторяется еще несравненно яснее и лучше!.. Я начинаю надеяться, что эта книга отомстит за нас. Такие передо мной картины, панорамы, сцены, допотопные драмы!.. Еще никогда я лучше не слышала и не видела».
«Тайная Доктрина» представляет собой комментарий к сакральному тексту под названием «Строфы Дзиан». С этим текстом, как уверяла Блаватская, она познакомилась в подземном гималайском монастыре. В последнее десятилетие жизни для нее источник мудрости окончательно и бесповоротно переместился из Египта в Южную Азию. Концепция теософии, как ее излагала Блаватская, опиралась на положения индуизма, из которых принцип телесного перевоплощения (метемпсихоза, или реинкарнации) был основополагающим.
В «Тайной Доктрине» излагается история о том, как появилась жизнь, какие факторы способствовали возникновению ее различных форм, рассказывается о том, в каком направлении она развивается и вообще существует ли в жизни какой-нибудь смысл? Разумеется, Блаватская признавала процесс жизни циклическим, описывая мир от его сотворения до самого конца как один круг.
Первый том «Тайной Доктрины» называется «Космогенез». В нем рассматриваются общие закономерности развития. Согласно Блаватской, первоначальное единство неявленного Божества вскоре заявляет о себе многообразием сознательно развивающихся существ, которые постепенно наполняют мир. Божество обнаруживает себя впервые через эманацию и три следующих последовательно друг за другом формы Разума: три космические фазы создают время, пространство и материю. Божественному плану подчиняются также и последующие творения, которым предстоит пройти через круги, или эволюционные циклы. В первом цикле миром правит стихия огня, во втором — стихия воздуха, в третьем — стихия воды, в четвертом — стихия земли. В остальных кругах, или циклах, мир определяется эфиром. Таким образом, в первых четырех кругах миром овладевает греховное начало, в связи с чем он отпадает от Божественной милости. В последних трех кругах, или циклах, мир искупает свою греховность, это необходимая предпосылка его возвращения к утерянному первоначальному единству и созданию нового большого круга. И все начинается сначала. Объективированными мыслями Бога Блаватская считала электричество и солнечную энергию. Особо она выделяла универсального посредника, который призван создавать и поддерживать наш мир. Этот услужливый исполнитель, представляющий начало всего космического процесса, получил от нее имя Фохат.
Во втором томе «Тайной Доктрины» под названием «Антропогенез» Блаватская пытается связать человека с грандиозной космической панорамой. В ее циклической концепции человек занимает значительное место. Блаватская утверждает, что каждому кругу, или циклу развития жизни, соответствуют падение и возвышение семи последовательных корневых рас. От первого до четвертого круга включительно человек деградирует, целенаправленно отдаваясь во власть материальному миру. Лишь с пятого круга начинается восхождение из тьмы к Свету, от материальных сиюминутных целей — к вечным духовным идеалам. Согласно Блаватской, настоящий человеческий порядок на земле может быть создан только пятой корневой расой, прошедшей через четвертый космический круг. Пятая корневая раса названа Блаватской арийской. Ей предшествовала раса жителей Атлантиды. Атлантам она приписывала, как уже знает читатель, неизвестные современному человеку особые психические силы. Елена Петровна представляла их гигантами, владевшими развитыми технологиями и создавшими на Земле циклопические строения. Три первоначальные расы относились ею к протогуманоидам. Первая астральная раса возникла в невидимой и вечной священной земле, вторая, гиперборейцы, существовала на исчезнувшем полярном континенте. Третья, лемурийцы, процветала на острове, затерянном в Индийском океане. Этой расе соответствовал самый низкий духовный уровень в эволюционном расовом цикле.
Елена Петровна провела через «Тайную Доктрину» три основополагающих принципа. Первый принцип — признание существования вездесущного, вечного, безграничного и неизменного Бога. Божественный план в Космосе осуществляет Фохат, полуэлектрическая-полудуховная сила, которая воплощается в законах природы.
Вторым принципом служит правило периодичности, всякое творение немедленно включается в череду бесчисленных распадов и возрождений. Эти круги всегда заканчиваются духовным приближением к первоначальной точке. Наконец, третий принцип заключает в себя представление о единстве между индивидуальными душами и Божеством, между микро-и макрокосмом.