Постройка православных церквей везде и всячески поощрялась. Дозволялось помещикам созидать в своих вотчинах новые храмы, чинить и обновлять обветшалые, но с тем, чтобы храмостроители снабжали эти церкви серебряными сосудами, алтарными принадлежностями с священнослужительскими облачениями, по крайней мере шелковыми, и отводили в пользу клира пропорцию пахотной земли и покосов. Дворы духовных лиц, находившиеся при церквах, освобождались от постоя и полицейских повинностей. Петр I запретил носить иконы из монастырей и церквей в частные дома. Елисавета Петровна сняла это запрещение, но с тем, чтобы священнослужители, принося в дом икону, не оставались там обедать и не брали в рот ничего опьяняющего. В числе милостей духовному сану было дозволение записывать в подушный оклад за священно- и церковнослужителями незаконных детей и подкидышей. К числу признаваемых непристойными отнесены были привозимые из-за границы изображения страстей господних и святых угодников божиих на фарфоре. Преследовались также в частных домах забавы с кощунским пошибом, как, например, наряживания на святках в одежды духовного сана. Во время богослужения, в воскресные и праздничные дни, запрещено было отворять кабаки и вести торговлю; запрещены были также кулачные бои.
Монастыри пользовались особым уважением императрицы. Более всех милость государыни была оказана Троицко-Сергиевскому, возведенному тогда в почетное наименование лавры. Все его многочисленные подворья освобождались от постоя и полицейских повинностей, но эта привилегия давалась с оговоркой, что она пожалована не в образец другим монастырям. За монастырями признавались правоспособность исправлять нравственность несовершеннолетних, впавших в преступление. Уголовного преступника, не достигшего семнадцатилетнего возраста, по наказании батогами или плетьми отдавали на исправление в монастырь на 15 лет. При Елисавете Петровне основано было два женских монастыря — Смольный, на месте при царском Смольном дворце, и Воскресенский, или Новодевичий. В Москве возобновлен был Ивановский монастырь, назначаемый для содержания вдов и дочерей заслуженных людей. Закон Петра Великого о непострижении в иноческий сан молодых людей при Елисавете Петровне соблюдался долго, исключая Малороссии, где по старине допускалось постригаться каждому лицу, достигшему 17 лет возраста. Но в 1761 году всем без изъятия безбрачным мужчинам, вдовам и девицам дозволено постригаться по желанию.
Набожность императрицы высказывалась и в повелениях читать в церквах, во время литургии, молитвы об отвращении постигающих край естественных бедствий. Так в 1749 году делалось по поводу скотского падежа, а потом, когда в некоторых местах России появлялись насекомые, истреблявшие цветы и листья в садах и огородах, указано было Святейшему синоду составить подходящие молитвы об избавлении от такого зла. Самым благочестивым подвигом императрицы бегло печатное издание библии, которое стоило многолетних трудов ученым духовным и поступило в продажу по пяти рублей за экземпляр.
Особенно важный в кругу церковного устроения указ Елисаветы Петровны был дан в 1753 году. Крестьянам архиерейских и монастырских вотчин, находившимся долго перед тем в ведомстве монастырского приказа, а потом коллегии экономии было поведено пребывать в послушании у архиереев и монастырских начальств, куда они вначале были приписаны, а в 1757 году издан был новый указ: в монастырских имениях отправлять хозяйственные должности не монастырским служкам, а отставным штаби обер-офицерам, которые должны будут с этих имений собирать доходы и из них употреблять в расход столько, сколько положено по штатам, остальное же хранить особыми суммами, из этих сумм государыня оставляла за собой раздачу пособий на строения в монастырях и на учреждение инвалидных домов.