Период правления сына и преемника Эпифана, Птолемея VI Филометора (181–145 гг.), был насыщен важными событиями каково внутренней, так и во внешнеполитической жизни Египта. Рим, который после II Пунической войны вел активную политику на Востоке, пока еще не стал на путь захватов, временно ограничиваясь только распространением своего влияния на восточные дела. Правительство Египта само шло навстречу политике Рима, делая его арбитром в династических спврах и признав фактически его протекторат.
В малолетство Птолемея VI регентство находилось в руках его матери Клеопатры, а после ее смерти — в руках евнуха Эвлея и сирийца Ленея. В 172 г. Птолемей был признан совершеннолетним; по обычаю, он женился на своей сестре Клеопатре (II), которая позднее фигурирует в официальных документах наравне с царем; это стало затем правилом. Эвлей и Леней готовили планы отвоевания Келесирии. Но Антиох IV предупредил их, совершил поход в Египет, вступил в Мемфис и возложил на себя корону египетских фараонов. Птолемей бежал, но попал в руки Антиоха.
Между тем в Александрии был совершен дворцовый переворот, и царем был провозглашен младший брат царя, также принявший имя Птолемея.[162]
В конце концов было достигнуто соглашение, что оба Птолемея царствуют вместе.В 168 г. Антиох IV совершил второй свой поход в Египет и одновременно занял Кипр. На этот раз римляне, одержав победу над македонским царем Персеем при Пидне, вмешались в сирийско-египетские отношения, заставили Антиоха уйти из Египта и очистить Кипр. Не успел Антиох уйти из Египта, как в стране вновь разразилось восстание (165/4 г.). Влиятельный в Александрии политический и военный деятель, носивший греческое имя Дионисий и египетское — Петосарапис, пытался организовать восстание против Филометора в пользу его брата; покушение было неудачно, но Петосарапису удалось бежать и возглавить широкое движение против правительства; с этим движением сомкнулось новое восстание в Фиваиде (Diod. XXXI, 15). Филометору пришлось лично повести войско в поход и осадить повстанцев в Панополе. Восстание было подавлено. Но младшему Птолемею удалось изгнать брата из Александрии. Филометор бежал в Рим. Сенат вынес решение, выгодное, конечно, для Рима — о разделе Египта: Филометор получал собственно Египет и Кипр, младший брат — Киренаику.
Правительство Филометора во второй половине его правления проявляло значительную активность на юге, на границе с Нубией, и особенно в Сирии. Сначала Филометор поддержал претендента Александра Баласа и выдал за него свою дочь. Но когда Александр обнаружил враждебные намерения против Египта, Филометор вступил в Антиохию и заставил Александра бежать. Филометор мог теперь овладеть троном Селевкидов, но благоразумно отверг это предложение: Рим, конечно, не допустил бы такого усиления царства Птолемеев. Вскоре, в последнем сражении против Александра, приведшем к его полному разгрому и гибели, Филометор был смертельно ранен. После смерти царя часть его наемников перешла на службу селевкида Деметрия, часть вернулась в Египет, где престолом теперь, наконец, завладел младший Птолемей, получивший прозвание Птолемей (VII) Эвергет (II) и кличку «Фискон» («толстопузый»).
Правление Птолемея VII особенно ярко характеризует разложение центральной власти. Убив сына Клеопатры от Птолемея Филометора, Эвергет женился на ней, но вскоре взял в жены дочь Клеопатры, свою племянницу, Клеопатру III. Официальные акты писались от имени царя Птолемея, царицы-сестры — Клеопатры (II) и царицы-жены — Клеопатры (III). Жестокий террор Эвергета вызвал восстание в Александрии, и Птолемею пришлось бежать на Кипр (131 г.). Клеопатра II осталась единоличной правительницей Египта. В отместку Клеопатре Птолемей распорядился убить своего собственного сына от нее и послал ей изрезанное в куски тело сына в качестве подарка ко дню рождения. Своих других двух сыновей он также убил. Клеопатра в свою очередь также интриговала и в Египте и в Сирии. В 124 г. она помирилась с Птолемеем, и вновь установилось тройственное царствование. Птолемея называли поэтому не Эвергетом («благодетелем»), а Какергетом («злодеем»).