Первосвященник Менелай укрылся вместе с сирийским гарнизоном в Акре. Поскольку светскую власть также осуществляли первосвященники, Иуда, надо полагать, присвоил себе этот титул, о чем имеются указания у Флавия. Книга Маккавеев об этом умалчивает — вероятно, авторы не нашли соответствующей богословской мотивировки для нарушения Иудой установленного «торой» порядка назначения первосвященников.
Иуда перераспределил жреческие должности. Это было очень важно, так как жрецы были господствующим сословием и состав его имел большое политическое значение. Иуда разделил всех жрецов, независимо от знатности их рода, на 24 группы, которые попеременно служили в храме. Он конфисковал имущество «эллинистов», скрывшихся в Акре; есть сообщение, что Иуда предпринял некоторые меры для подъема сельского хозяйства и улучшения положения крестьян. Упорную борьбу пришлось Иуде вести с соседями Иудеи, которым внушало тревогу возникновение, как им казалось, нового независимого государства. Борьба была жестокая и кровопролитная, но в общем успешная для Иуды.
В 163 г. умер Антиох IV. О последних годах его правления сведения источников скудны, противоречивы и смутны. Источники сходятся в том, что Антиох совершил поход на Восток и там погиб. Еще до своей первой экспедиции в Египет Антиох сделал своего малолетнего сына своим соправителем. Перед смертью он назначил своего однокашника (σύντροφος) Филиппа опекуном над сыном; это, конечно, означало, что Лисий должен будет уступить власть Филиппу, но пока Лисий остался фактическим правителем Сирии. Началась борьба между опекуном Антиоха V Филиппом и Лисием; с другой стороны, Деметрий, сын Селевка IV. проживавший в качестве заложника в Риме, заявлял притязания на трон Селевкидов. Лисию удалось устранить Филиппа. Но Деметрий при помощи друзей, в частности историка Полибия, бежал из Рима в Антиохию, где его провозгласили царем; Лисий и Антиох V были убиты.
С этого времени в течение ста лет в Сирии происходит почти непрекращающаяся борьба между претендентами на трон. Все 19 царей от Антиоха V Эвпатора до последнего царя Антиоха XIII умерли насильственной смертью, притом некоторые были преданы казни и подвергнуты предварительно пыткам. Правда, и предшествующие цари, начиная с Селевка, за исключением Селевка II и, может быть, Антиоха I, погибли насильственной смертью. Но за 150 лет — с 312 до 163 гг. — сменилось 8 царей, а за 100 лет — с 163 до 63 гг. — 19 царей. Главное, убийство Селевка I или отравление Антиоха II (если оно действительно имело место) были случайными эпизодами, нисколько не мешавшими росту и расцвету царства Селевкидов; непрерывные междоусобия после Антиоха Эпифана — признак упадка и разложения этого царства. Часто в стране одновременно действовали два царя, раздиравшие и уничтожавшие живые силы. Одно время Сирия была разделена на два царства (при Антиохах VIII и IX). В Сирии распоряжались парфяне, иудеи, армяне, Птοлемеи, арабы и просто авантюристы. В 83 г. Сирийское царство становится достоянием царя Армении Тиграна (до 69 г.).
Одно время, при Антиохе VII Сидете, была сделана попытка восстановить былое величие царства Селевкидов. Вновь была подчинена Иудея, подавлены местные мятежи; был предпринят развивавшийся вначале успешно поход в Парфию. В надписях (OGIS 255, 256) Антиох VII именуется великим царем. Но парфяне выдвинули против Антиоха соперника в лице Деметрия IV, бывшего у них в плену с 138 г., и подняли против него местное население. В результате войско Антиоха было уничтожено, а сам он покончил с собой, бросившись в пропасть.
Римляне, постепенно завладевшие Пергамом, Вифинией, сокрушив Понтийское царство Митридата VI, присоединили в 63 г. Сирию в качестве провинции к Римской республике. Царство Селевкидов кончилось.