Среди ранних иглокожих были классы, отличавшиеся по плану строения тела от всех ныне живущих форм. Все они построены из характерных кальцитовых пластинок и, судя по наличию у них амбулакров, обладали чрезвычайно своеобразной системой наполненных водой сосудов, имеющейся у ныне живущих иглокожих. Амбулакры служили местами прикрепления поверхностных придатков, связанных с системой сосудов и служивших для захватывания пищи, передвижения и дыхания, подобно амбулакральным ножкам ныне живущих игло кожих. Однако на этом семейное сходство кончалось. Мы привыкли к тому, что для иглокожих характерна пятилучевая симметрия, потому что все современные и большинство ископаемых форм обладают этой симметрией, однако у некоторых древних форм, таких как геликоплакоидеи, ктеноцистоидеи и паракриноидеи, в остальном несходных между собой, обнаружено асимметричное расположение частей тела, наложенное на примитивную билатеральную симметрию. Геликоплакоидеи построены из пластинок, расположенных по спирали; предполагается, что они были погружены в плотный интегумент, образуя своего рода гибкую спиральную кольчугу. Единственный раздвоенный амбулакральный канал закручен вокруг тела. Другие очень древние иглокожие также не обладают радиальной симметрией, а в некоторых случаях совершенно асимметричны. Наиболее загадочные из них это, вероятно, стилофоры. Они покрыты прочным панцирем из крупных пластинок, расположенных без всякой симметрии, и снабжены шиловидным выростом, который был, по-видимому, подвижным и который Убагс (Ubaghs) назвал аулакофором; как считает Убагс, этот вырост находился на ротовом конце животного и был связан с питанием. В отличие от этого Джефрис (Jefferies) на основании ряда особенностей внешнего и внутреннего строения стилофор считает их одним из подклассов хордовых, которому он дал название Calcichordata; у стилофор имелся сложный мозг, но они были родственны иглокожим. По мнению Джефриса, их аулакофор и амбулакр превращаются у Calcichordata в хвост с заходящей в него хордой. Гомостелии и один или два других класса также не имеют ясно выраженной симметрии. Остальные известные классы обладают радиальной симметрией, чаще всего пятилучевой. Исключение составляет известный
Третья проблема касается скоростей эволюции. Эволюция ныне живущих классов иглокожих была весьма консервативной. Морские лилии, голотурии, морские звезды и морские ежи, явно сходные с существующими в настоящее время, возникли в ордовике, который окончился 450 млн. лет назад. Согласно данным в «The Fossil Record», большая часть ныне живущих отрядов морских лилий появилась в триасе и юре, так же как и большинство современных семейств правильных морских ежей, т.е. все они существуют уже почти 200 млн. лет. Несколько семейств неправильных морских ежей возникли в юре, но большая их часть моложе и появилась в меловом или третичном периоде. В других классах иглокожих имеются даже еще более древние отряды и семейства, дожившие до наших дней. Грубо говоря, третья часть семейств голотурий (класс Holothuroidea) возникла в девоне или раннем карбоне (примерно 350-400 млн. лет назад), а остальные - в юре. Единственный сохранившийся отряд из Somasteroidea существует с раннего ордовика, т.е. почти 500 млн. лет. Некоторые отряды морских звезд (класс Asteroidea) появились в ордовике, а большинство других - в ранней юре. Среди офиур (класс Ophiuroidea) есть ныне живущие подотряды, появившиеся в ордовике, силуре, девоне и юре.
И все же мы видим перед собой классы, в корне различающиеся по планам строения и возникшие уже при первой радиации иглокожих. Быть может, иглокожие имеют чрезвычайно длительную историю, не запечатленную в палеонтологической летописи и начавшуюся сотни миллионов лет назад, еще в докембрии, так что они такие же древние, как и первые ископаемые одноклеточные эукариоты. Такое предположение представляется маловероятным. Скорее, можно предположить, что первые иглокожие в позднем докембрии эволюционировали очень быстро, выработав целый спектр более или менее удачных планов строения. Последующая эволюция состояла в закреплении отдельных планов строения и возникновении разнообразия в пределах каждого из них.
Разрывы, недостающие звенья и эволюционные механизмы