Центральная проблема Богданова, как и раннего Маркса, — это проблема человека и его сознания, при рассмотрении которой он, разумеется, обращается к опыту науки уже не XIX, а XX в. Материалистический антропологизм XVIII–XIX вв., объясняющий человеческую психику с помощью естественных наук, Богданов считал устаревшим, метафизически исчерпанным. Эмпириомонизм для него — это реалистический взгляд, исходящий из понимания того, что сознание является не фантазией или грезой, а действительным отражением мира. При этом основа реалистического миропонимания лежит, по Богданову, не в сфере индивидуального, а в сфере коллективного опыта, ибо сознание не может быть понято чисто психофизиологически или натуралистически как достояние отдельного человека. Даже «высокосистематизированный» бред параноика, живущего в собственном нереальном мире больного сознания, слагается из реалистических элементов, хотя совокупность их ложна.
Одна из интересных находок системы эмпириомонизма — идея «подстановки». В самом широком историко-философском плане «подстановка» — это движение человеческого познания от известного к неизвестному, осуществляющееся через «подстановку» уже известного, познанного объекта на место непознанного объекта. В пределе это не что иное, как описание классической философской субъект-объектной парадигмы, с точки зрения эмпириомонизма являющейся «косвенным доказательством» действительности нашего собственного и другого познающего «я».
Поскольку реальность индивидуального сознания и опыта, по Богданову, есть первое, с чего начинается всякий мыслительный процесс, то через общение с другими людьми, в процессе формирования коллективного опыта человек осознает и самого себя, и реальность другого «я». В этом смысле реальность человеческого «я» Богданов называет «приспособлением» для самого осуществления коллективного опыта. Теория познания — и одновременно формирования монизма — есть процесс совершенствования коллективного опыта, усложнения его организации на социальном уровне. Эта история разворачивается от самых простейших, первичных форм «подстановки», когда психическое становится «подстановкой» под физическое (например, в первобытном анимизме, антропоморфизации природы), до ее развитых философских форм (спиритуализм и панпсихизм). В естественных науках «подстановка» также имеет место (подстановка «физического под физическое»), когда неизвестный физический процесс описывается через известный или более известный, — это механическая теория теплоты, теория эфира, электрических и магнитных жидкостей и т. п.
Объяснение истории человеческого познания с точки зрения эмпирио-монистической «подстановки» есть, следовательно, одно из возможных объяснений развития опыта от индивидуального к коллективному, социальному опыту, а также объяснение роста уровня организованности (человека, коллектива, общества). Субъективный же опыт («психическое» в более узком смысле) Богданов понимает лишь как «исходную точку самой подстановки» или как «стимул к подстановке», но отнюдь не как ее содержание. Здесь принципиальное расхождение Богданова с «современными позитивистами», на которое указывает сам автор «Эмпириомонизма». Равным образом Богданов отрицает характерную для позитивистской психологии теорию «интроекции», идущую от Авенариуса и признающую «тело» лишь внешней оболочкой «души», что является полной «подстановкой» психического под физическое. Сам же Богданов «против такой подстановки». Этим термином он пользуется в значительной степени для удобства изложения своей концепции. Поэтому, дистанцируясь от указанного позитивистского понимания «подстановки», он предпочитает говорить об «исправленной подстановке» как о методологическом подспорье для прочтения собственной философской концепции.
Идейная среда русского марксизма, как и других «нешкольных» течений русской философии, никогда не была однородной и отличалась существенным разномыслием. Богданов всегда стоял на позиции творческого развития марксистской философии, хотя его идеи нередко подвергались критике другими представителями диалектического материализма.