Позднеэнеолитические погребения на Карадепе обнаружены в ряде мест и в различном стратиграфическом положении. По этим признакам они объединяются в три достаточно четкие группы: обособленный могильник на раскопе 1; погребения на территории поселка, расположенные в одном стратиграфическом горизонте с описанными строениями; погребения, залегавшие ниже уровня полов раскапывавшихся построек. Могильник на раскопе 1 относится ко времени Кара 1Б. Он частично охарактеризован выше. Строения того же времени здесь отсутствуют, а могилы впущены в слои Кара 2. Лишь в юго-западной части раскопа 1 зафиксировано несколько построек времени Кара 1А, частично перекрывавших некоторые могилы. Таким образом, в пору Кара 1Б на территории раскопа 1 находились оплывшие руины построек среднего энеолита (Кара 2). Судя по высотным отметкам, это была самая высокая часть Карадепе и именно она была выбрана для обособленного кладбища. В расположении захоронений прослеживается тенденция к размещению рядами, тянущимися с северо-запада на юго-восток, соответственно осям большинства строений.
Вместе с тем подобный обособленный могильник времени Кара 1А пока не обнаружен. Отдельные захоронения, расчищенные выше полов описанных строений, скорее всего были совершены уже в период запустения домов. Исключение составляют лишь коллективные гробницы. Возможно, к их числу принадлежат небольшие, отдельно стоящие подквадратные в плане строения, обнаруженные во дворе на раскопе 5. В одном из них найдены три целых сосуда и два человеческих зуба. Более определенно можно охарактеризовать гробницу, вскрытую на раскопе 4 к северу от культового комплекса. Это прямоугольная камера размерами 2,6×2,2 м, возведенная из сырцового кирпича. Камера оказалась разрушенной, ее расположение близко от дневной поверхности ухудшило сохранность костного материала. Все кости находились в перемещенном состоянии, но, судя по черепам, здесь было захоронено 23 взрослые особи. В южной части камеры имелось свободное пространство, возможно, специально освобожденное для заключительного погребения, которое почему-либо не было совершено. В гробнице обнаружено 17 глиняных сосудов (3 серых и 14 расписных) и 3 каменных, каменные бусины и медная булавка с лопаточковидным навершием. У внешней грани восточной стены найдена терракотовая статуэтка, изображающая сидящую женщину с ползущей по бедру змеей. Показательно, что в гробницы эпохи бронзы, открытые у восточной стены Алтындепе, также помещались женские статуэтки, возможно, с ритуальными целями. Погребения третьей группы, располагавшиеся ниже полов вскрытых домой, как правило, совершены в скорченном положении на левом боку, головой на юг. Погребальный инвентарь их представлен одиночными глиняными сосудами и бусами.
Перейдем к рассмотрению обнаруженных в позднеэнеолитических наслоениях Карадепе археологических объектов, среди которых первое место занимает специфический керамический комплекс (табл. XXI,