Второй аспект — степень изученности известных памятников. Из 27 выявленных энеолитических поселений на 19 изучение стратиграфии проведено большей частью путем шурфовки, причем на разном методическом уровне. Так, например, по опорным шурфам Намазгадепе графическая фиксация профилей шурфов практически отсутствует. Один памятник (Дашлыджидепе) был исследован полностью на уровне всех трех имевшихся в нем строительных горизонтов, на четырех (Ялангачдепе, Муллалидепе, Чакмаклыдепе, Монджуклыдепе) полностью вскрыт верхний строительный горизонт. Однако все это небольшие поселения площадью не более 0,3 га. Широкое вскрытие верхних строительных горизонтов осуществлено на таких крупных поселениях, как Карадепе и Геоксюр 1, а также на четырех небольших поселениях геоксюрской группы памятников. Последняя, таким образом, исследована наиболее полно и разносторонне (
Хронология рассматриваемых памятников базируется на стратиграфических колонках, делающих особенно надежными разработку относительной хронологии и периодизацию археологических материалов. Специфической особенностью среднеазиатских и вообще ближневосточных памятников разных эпох является последовательное расположение друг над другом глинобитных домов, представляющее почти идеальные условия для вертикального членения культурных напластований. По существу, остатки одного дома с содержащимися в нем предметами материальной культуры образуют один слой или, как можно в данном случае говорить, один археологический комплекс, являющийся основной исходной единицей фиксации при раскопочных работах. Такой строительный горизонт заключает остатки одного или нескольких строений, одновременное функционирование которых нашло отражение в стратиграфическом положении между прослойками полов более раннего и более позднего строительных комплексов. Эта особенность связана с практикой разрушения верхних частей сырцовых строений после их предельного ветшания и разравнивания участка, на котором они располагались, под фундамент новых построек. Практически в среднеазиатских памятниках ранних земледельцев такой строительный горизонт в среднем имеет мощность 0,5 м. Однако не всегда в ходе производившихся раскопок, особенно в глубоких и незначительных по площади шурфах, удавалось проследить стратиграфические горизонты. В таких случаях применялась условная фиксация материала по ярусам (один ярус равен 0,5 м). Объединяя керамические находки в ярусы, исследователи, естественно, повышали элемент субъективности в фиксации материала.
История изучения стратиграфии энеолитических памятников юга Средней Азии рисует картину постепенного совершенствования принятой методики фиксации материала и выделения комплексов. Так, при раскопках Анау были выделены три комплекса, содержавших материал, трактуемый сейчас как энеолитический, — Анау IA, Анау IБ и Анау II (