Вместе с тем еще при Елисавете явились новые реформатские секты в лице пуритан, пресвитериан и индепендентов, которые шли еще далее по пути реформ, отвергая королевскую власть в церкви, сан епископов в католические обряды, как «наследие антихриста», и несмотря на строгие меры, принимаемые против этих диссентеров или нонконформистов, равно как и против католиков, «королевской реформации» еще долго грозила опасность с обеих сторон. При Иакове I (1603-25), сыне Марии Стюарт, обманувшем надежды шотландских пресвитериан, ненависть католиков разразилась Пороховым заговором, а его сын и преемник Карл I за свою преданность католицизму и неограниченной верховной власти сложил голову на эшафоте (1649). Пуритане, имевшие с 1640 г. перевес в парламенте и пытавшиеся на вест-минстерском синоде (1643-49) изменить в своем духе церковные учреждения, культ и учение, должны были уступить место более рьяным реформаторам, индепендентам, политический вождь которых, Оливер Кромвель, правил английскою республикою (1649-58), как теократический диктатор. Восстановление монархии (1660) было равносильно восстановлению епископального устройства. Новым попыткам Стюартов сделать страну католическою, а правление неограниченным, положила конец вторая революция 1688 года. В договоре, который был заключен парламентом с Вильгельмом Оранским (1689), католическая линия была объявлена навсегда лишенною прав Престолонаследия и установлено устройство государства и государственной церкви. Изданный парламентом в 1673 году Testakte, на основании которого всякий, кто не признает королевской власти над церковью и не принимает святого причастия в епископальной церкви, не допускается ни к каким общественным должностям, был изменен в пользу протестантских диссентеров и остался в силе против одних католиков. Только парламентскими актами от 9 мая 1828 и 13 апреля 1829 католики были допущены ко вступлению в парламент и занятию большей части государственных должностей под условием принесения присяги в том, что они не будут причинять никакого вреда протестантской религии или правительству Соединенного королевства и в особенности отказываются от мысли, что папа имеет какую либо светскую или гражданскую юрисдикцию в Британской монархии, или что государи, которых папа отлучает от церкви или объявляет лишенными сана, могут быть свергаемы или умерщвляемы. Но и теперь еще католические священники не могут заседать в парламенте; членам иностранных монашеских орденов запрещено пребывание в стране, а туземные монахи поставлены под строгий надзор; ношение духовных титулов воспрещено под опасением больших денежных штрафов. Несмотря, однако, на все эти меры предосторожности, тайное или явное сочувствие англиканского духовенства и высокопоставленных светских лиц католицизму, даже многочисленные случаи перехода в католическую веру, не могли быть предупреждены. Папа Пий IX, в виду успехов католицизма в Англии, разделил ее на восемь церковных округов и назначил в 1850 г. в лице кардинала Уайземана (ему в 1865 году наследовал кардинал Маннинг) архиепископа вест-минстерского в примаса католической церкви в Англии; общественное мнение было сильно возмущено этим вторжением в порядки, установленные государственными законами.