Отсюда возникла вторая польская война. В июне 1660 года князь Хованский потерпел поражение у Подонки, в сентябре – Шереметьев под Чудновым. Дела приняли еще более опасный оборот, благодаря продолжавшимся в Малороссии смутам. Тетеря присягнул королю, который явился на левой стороне Днепра, но после неудачной осады Глухова, в начале 1664 года, и успешных действий его противников – Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского, ушел за Десну. А. Ордын-Нащокин советовал царю отказаться от Малороссии и обратиться на Швецию. Алексей Михайлович отклонил это предложение; он не терял надежды. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкому султану. 13 января 1667 года заключен был мир в деревне Андрусове. Царь Алексей, по этому миру, приобрел Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года.
Во время войн 1654 – 1658 гг. царь часто отсутствовал из Москвы, находился следовательно вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 года он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на духовном соборе, под председательством Александрийского и Антиохийского патриархов, Никон лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654 – 1667 гг.) царь Алексей лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильне и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба не производилась лишь на поверхности дерева по русскому обычаю, а стала фигурной, во вкусе рококо.
Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 г.; мятежники были перевешаны. В тоже время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбивши караван гостя Шорина в 1667 г., Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял Черемису, Чувашей, Мордву, Татар, но под Симбирском разбит был Кн. Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 года. Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенки. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1669 г.), снова перешел на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 г. избран Иван Самойлович. Между тем турецкий Султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась 20-тилетним миром лишь в 1681 году.