В начале 60-х годов С. П. был назначен совещательным членом медицинского совета министерства внутренних дел и военно-медицинского ученого комитета, с 1873 г. почетным лейб-медиком. Тогда же он был избран председателем общества русских врачей в С.-Петербурге. Чрезвычайно плодотворна была деятельность С. П. В общественных учреждениях, в качестве гласного городской думы. Со времени перехода больниц в ведение города, С. П. постоянно работал во вновь учрежденных санитарной и больничной комиссиях. По его инициативе и указаниям, город энергично взялся за улучшение содержания больниц, и приступил к устройству новых – общины св. Георгия и Александровской барачной больницы. Кроме того, им же было обращено внимание на недостаточность врачебной помощи среди неимущего класса столичного населения; городская дума, по его предложению, устроила институт думских врачей, так успешно функционирующий и по настоящее время: по его же инициативе было преступлено к разработке данных о призреваемых городскими богадельнями. Исследование это было предпринято частью с практическою целью определения числа лиц, составляющих население богаделен, нуждающихся во врачебной помощи, частью с научной – собрания материала для изучения недостаточно разработанного вопроса о старости. Исследование это, сделанное дром А. А. Кадьяном, вышло уже после смерти С. П. Боткина («Население С. Петербургских градских богаделен» А. А. Кадьяна).
В 1886 г. С. П. был назначен председателем комиссии по вопросу об оздоровлении России. Комиссия эта собрала драгоценный материал по вопросу о санитарном состоянии нашего обширного отечества; но к сожалению работа комиссии, за смертью председателя, временно прекращена. С. П. весьма сочувственно относился и к вопросу о женских врачебных курсах; хотя он на них лично не преподавал, но принимал близко к сердцу судьбу преждевременно окончивших свое существовало курсов и энергично хлопотал об учреждении их вновь при одной из городских больниц. В пользу женских врачебных курсов С. П. оставил капитал покойного Кондратьева, передавшего С. П. 20 тысяч рублей для какой-либо благотворительной цели. С. П. Боткин скончался 12 декабря 1889 года в Ментоне от болезни печени, осложнившейся болезнью сердца. Все сословия и учреждения, среди которых работал знаменитый клиницист, постарались увековечить память о почившем. Так, городская дума назвала Александровскую барачную больницу именем Боткина, выставила портрет Б. во всех городских больницах и богадельнях, и учреждает несколько начальных школ его имени. Общество русских врачей открыло подписку для устройства «Боткинского дома призрения для неимущих врачей, их вдов и сирот». Кроме того, учрежден капитал имени Боткина на премию за лучшие сочинения по терапии. «Еженедельная клиническая газета», издававшаяся знаменитым клиницистом, превращена в «Больничную газету Боткина». Кроме того, обществом русских врачей образован фонд для выдачи премии в память 25-тилетного юбилея Боткина и многими бывшими пациентками собран капитал на стипендию имени С. П. в одном из женских учебных заведений. С. П. Боткин состоял членом венской академии наук, многих заграничных ученых обществ, членом-корреспондентом общества внутренней медицины в Берлине и почетным членом почти всех университетов и ученых обществ России.
Печатные труды Боткина: «Застой, образовавшийся в кровеносных сосудах брыжжейки лягушки, от действия средних солей»(«Военно-медиц. журн.» 1853); «Количественное определение белка и сахара в моче посредством поляризационного аппарата» («Московск. медиц. газ.», 1858, №13); тоже «Определение молочного сахара» («Моск. мед. газ.», 1882, №19); «О всасывании жира в кишках»(«Воен. мед. жур.», 1860); «О физиологическом действии сернокислого атропина» («Мед. Вестн.», 1861 г., №29); «Ueber die Wirkung der Salze auf die circulirenden rothen Blutkorperchen»(«Архив Вирхова», XV, 173, 1858); «Zur Frage von dem Stofwechsel der Fette in thierischen Organismen» («Архив Вирхова», XV, 380);" «Untersuchungen uber die Diffusion organischer Stoffe: 1) Diffusionsverhaltnisse der rothen Blutkorperchen ausserhalb des Organismus» («Архив Вирхова», XX, 26); 2) «Ueber die Eigenthumlichkeiten des Gallenpigment hinsichtlich der Diffusion» («Архив Вирхова», XX, 37) и 3) «Zur Frage des endosmotischen Verhalten des Eiweis» (там же, XX, 39); «Случай тромбоза воротной вены» («Мед. вестн.», 1863 г. 37 и 38); «Предварительное сообщение об эпидемии возвратной горячки в Петербурге» («Мед. Вест.», 1864, №46); «К этиологии возвратной горячки в Петербурге» («Мед. В.», 1865, №1); «Курс клиники внутренних болезней» (вып. 1 – 1867 г.; вып. 2-й – 1868 г. и вып. 3-й – 1875 г.); «Предварительное сообщение по поводу эпидемии холеры» (приложение к №3 «Эпидемиологич. листка» за 1871 г.); «Архив клиники внутренних болезней» (7 том. с 1869 по 1881 г.); «Клинические лекции», 3 выпуска; с 1881 г. издавалась под его редакцией «Еженедельная клиническая газета».
Ботнический залив