Второй элемент, вошедший в состав боярской думы по мере уничтожения уделов, это – князья, делавшиеся советниками великого князя по своему званию князей, не нуждаясь вначале в особом назначении в чин боярина, так как считали свое звание выше боярского. Этот элемент преобладал в думе до конца XVI в., а с этого времени уже далеко не всякий князь попадал в думу; многочисленность служилых князей принудила сделать между ними выбор и проводить в думу лишь некоторых чрез чин боярина.
Кроме этих двух элементов в состав думы входили и некоторые должностные лица; так, присутствовать в думе мог окольничий, звание которое затем было обращено в чин. При Иоанне III право суда в управления принадлежало боярам и окольничим («Судити суд боярам и окольничим», Суд. 1497 г., ст. I).
В начале XVI в. великий князь начал вводить в думу людей худородных, простых дворян, которые и получили титул думных дворян, что опять превратилось в чин. Этот элемент особенно усилился вовремя борьбы Грозного с родовитым боярством. К атому же времени относится появление в думе и думных дьяков. При усилении письменного делопроизводства явилась и канцелярия при думе. Те дела, которые дума in corpore не могла вести, поручались думным дьякам, а именно: посольские, разрядные, наместные и быв. Казанского царства. Эти отрасли вверены дьякам, но как делегатам думы. Поэтому думных дьяков в XVI в. Было обыкновенно четыре. Такое положение выводило их из разряда секретарей; они становились министрами и, каждый по своему ведомству, имели право голоса в заседаниях думы, хотя членами думы не считались. При Алек. Мих. число думных дьяков увеличилось, при Феодоре Алексеевиче их было 14. Такой, исторически сложившийся, состав думы оставался неизменным и в XVII в.
Число членов думы только с XVI в. становится определеннее; со времен вел. кн. Василия Иоанновича ведутся уже списки членов думы; от Иоанна III к сыну его перешло 3 бояр, 6 окольничих, и дворецкий и 1 казначей. При Грозном число бояр понизилось вдвое, зато увеличилась неродовитая часть в состав думы: он оставил 10 бояр, 1 окольн, 1 крайчого, 1 казначея и 8 думных бояр. После Феодора Иоанновича число думных людей возрастает с каждым царствованием (за исключением Мих. Феодоровича). Так, при Борисе Годунове было их 30,в смутное время 47; при Мих. Феодор. – 19, при Алек. Мих. – 59, при Фед. Алек. – 167. Не всегда все члены думы собирались в заседания. Возможно – полные заседания думы происходили в особо важных случаях, в частности при созыве земских соборов (которых непременную часть составляла дума).Заседания думы происходили в царском дворце – «На Верху» и в Золотой Палате. По свидетельству Маржерета времен заседаний думы было от 1 часа до 6 часов дня (4 – 9 ч. утра). Бояре делили с царем все обыденные акты жизни: ходили в церковь, обедали и проч. По свидетельству Флетчера, собственно для обсуждения дел назначены были понедельник, среда и пятница, но в случае надобности бояре заседали и в другие дни.
Председательство в думе принадлежало царю, но он не всегда присутствовал; бояре решали дела и без него либо окончательно или же их решения были утверждаемы государем. Члены распределялись в думе по порядку чинов, а каждый чин – по местнической лестнице породы. Уложение ц. Ал. Мих. предписывает думе «всякия дела делати вместе». Этим косвенно утверждается начало единогласия при решениях. В конце XVII в. возникает особое отделение думы для судных дел: «расправная палата»,. состоявшая из делегатов думы (по несколько членов от каждого чина). Во время выезда бояр с царем из Москвы в поход, на месте оставляется несколько членов ее «для ведания Москвы». В эту комиссию думы шли все доклады из приказов, но окончательно решались ею только дела. меньшей важности; прочие отсылались к царю и находившимся при нем боярам.