Действия инквизиционного трибунала облекались строгою таинственностью. Целая система шпионства и доносов опутывала всех страшною сетью. Как только обвиненный или заподозренный привлекался к суду И., начинался предварительный допрос, результаты которого представлялись трибуналу. Если последний находил дело подлежащим своей юрисдикции, — что обыкновенно и случалось, — то доносчики и свидетели снова допрашивались и их показания, вместе со всеми уликами; передавались на рассмотрение доминиканских богословов, так называемых квалификаторов св. И.; если квалификаторы высказывались против обвиняемого, его тотчас же отводили в секретную тюрьму, после чего между узником и внешним миром прекращались всякие сношения. Затем следовали 3 первые аудиенции, во время которых инквизиторы, не объявляя подсудимому пунктов обвинения, старались путем вопросов запутать его в ответах и хитростью исторгнут у него сознание в взводимых на него преступлениях. В случае сознания, он ставился в разряд «раскаивающихся» и мог рассчитывать на снисхождение суда; в случай упорного отрицания вины, обвиняемого, по требованию прокурора, вводили в камеру пыток, и здесь вымогалось у него сознание посредством целого ряда ужасных мук, свидетельствующих о необычайной изобретательности инквизиторов. После пытки измученную жертву снова вводили в аудиенц-залу и только теперь знакомили ее с пунктами обвинения, на которые требовали ответа. Обвиняемого спрашивали, желает ли он защищаться или нет, и, в случай утвердительного ответа, предлагали ему выбрать себе защитника из списка лиц, составленного его же обвинителями. Понятно, что защита, при таких условиях, была не более как грубым издевательством над жертвой трибунала. По окончании процесса, продолжавшегося нередко несколько месяцев, снова приглашались квалификаторы и давали свое окончательное мнение по данному делу, почти всегда — не в пользу подсудимого. Затем следовал приговор, на который можно было апеллировать к верховному инквизиционному трибуналу или к папе; но апеллировать к «супреме» было бесполезно, так как она не отменяла приговоров инквиз. судов, а для успеха апелляции в Рим необходимо было заступничество богатых друзей, так как осужденный, ограбленный И., значительными денежными суммами уже не располагал. Если приговор отменялся, узника освобождали, но без всякого вознаграждения за испытанные муки, унижения в убытки; в противном случае его ожидали санбенито и ауто-да-фе. Кроме религиозного фанатизма и корыстолюбия, мотивом преследования являлась нередко и личная месть отдельных членов трибунала. Раз намеченная жертва уже не могла ускользнут из рук св. трибунала: ее не могли спасти ни высокое положение в церкви или государстве, ни слава ученого или художника, ни безупречно нравственная жизнь. Перед И. трепетали даже государи. Ее преследований не могли избежать даже такие лица, как исп. Архиепископ Карранса, кардинал Чезаре Борджиа и др. Всякое проявление независимой мысли преследовалось, как ересь: это видно на примерах Галилея, Джордано Бруно, Нико ди Мирандола и др.