Следующий шаг заключается в собирании всех букв вместе: baabaaa- baaaabaaaaaabababaabbbabababaabaaaabaaaaaaa. Все комбинации, использованные в бэконовском двухбуквенном шифре, содержат группы из пяти букв. Следовательно, последовательность букв должна быть разбита на такие группы следующим образом: baaba aabaa aabaa aaaab ababa abbba babab aabaa aabaa aaaaa. Каждая из этих групп из пяти букв теперь представляет одну букву шифра, и настоящая буква может быть определена сравнением групп с алфавитной таблицей, ключом к двухбуквенному шифру из «О достоинстве и приумножении наук»: baaba — Т, aabaa — Е; aabaa — Е; aaaab — В; ababa — L; abbba — Р; babab — X; aabaa — Е; aabaa — Е; aaaaa — А. Но последние пять букв слова riches отделены точкой от начальной r, и поэтому последние пять «а» не читаются в шифре. Буквы, подобным образом извлеченные и собранные вместе, дают TEEBL РХЕЕ.
Эта картина взята из книги Бэкона «О достоинстве и преумножении наук». На ней показано два алфавита, предназначенных для шифрования. Заглавные и строчные буквы имеют две различные формы, которые обозначены через «а» и «b». Двухбуквенная система использует два алфавита, где различия между ними были бы выражены не всегда в той же степени, как в приведенном выше примере. Но в любом случае использовались два алфавита, хотя различия часто были столь тонки, что требовалось мощное увеличительное стекло, чтобы распознать тип а и тип b.
На этой стадии исследователь мог бы ожидать получения осмысленных слов, но его, похоже, ждет разочарование, потому что полученные буквы сами представляют собой криптограмму. И вдвойне постигнет разочарование тех, кто имеет случайное знакомство с двухбуквенной системой. Следующим шагом является применение девяти букв к тому, что называется колесом шифра, которое состоит из двух алфавитов, один из которых вращается вокруг другого таким образом, что становятся возможными многочисленные перестановки букв.
После того как в процессе дешифровки буквы разделялись на типы а и b, они разбивались на группы по пять букв, и все сообщение читалось с помощью приведенной выше таблицы.
Буква А внутреннего алфавита соответствует букве Н внешнего алфавита, так что шифр считает эти две буквы взаимозаменяемыми. Буквы F и М, R и Υ, W и D должны быть замещены, как показано на двух кругах. Девять букв, извлеченных двухбуквенным шифром, могут быть заменены на девять других букв, согласно колесу, а именно буквы внутреннего круга заменены на буквы внешнего круга. В ходе этого процесса Т становится А, два Е становятся двумя L, В — I, L — S, Р — W, X — Е и два Е — LL. Результатом является ALLISWELL, которое, будучи разбито на слова, дает ALL IS WELL (все хорошо).
На картине показано шифровальное колесо. Внутренний алфавит крутится так, что любая из его букв может быть расположена напротив любой из букв внешнего алфавита. В некоторых случаях внутренний алфавит расположен в обратном порядке, но на этом рисунке он расположен обычно.