Многие писатели полагали, что учение Гипатии является христианским по духу. На самом деле она снимала покров таинственности, которым окружил себя новый культ, раскрывая с такой ясностью лежащие в его основе принципы, что многие обращенные в христианскую веру покидали ее и становились друзьями и сторонниками Гипатии. Гипатия не только доказала языческие источники христианской веры, но и раскрыла подлинную природу так называемых чудес, к которым апеллировали христиане в утверждении божественной избранности. Гипатия при этом обращалась к естественным законам, управляющим явлениями.
В это время Кирилл, позднее ставший известным как основатель доктрины христианской Троицы и канонизированный за ревностную веру, был александрийским епископом. Видя в Гипатии препятствие к распространению христианской веры, Кирилл, по крайней мере косвенно, был причиной ее трагической смерти. Вопреки более поздним попыткам оправдать его, неоспоримые факты говорят о том, что он не сделал даже попытки предотвратить отвратительное и жестокое преступление. Единственное слабое его оправдание заключалось в том, что, ослепленный фанатизмом, Кирилл считал Гипатию волшебницей, вступившей в сговор с дьяволом. История свидетельствует о том, что его жертва, непорочная дева-философ, славилась своими добродетелями, моральной целостностью и абсолютной преданностью истине и справедливости.
Большинство лучших умов христианства того периода может быть освобождено от подозрения в соучастии в убийстве, однако ненависть Кирилла была столь велика, что, безусловно, передалась более фанатичным сторонникам его веры, в частности группе монахов из Нитрийской пустыни. Ведомые Петром Читателем, буйным и необразованным человеком, они набросились на Гипатию на улице, по дороге из Академии к дому. Они выволокли беззащитную женщину из колесницы и притащили ее к Цезаревой церкви. Сорвав с нее одежды, они умертвили ее камнями, затем раковинами содрали с нее кожу и плоть с костей и отнесли изувеченные останки к месту, называемому Киндрон, где сожгли их дотла. Так погибла в 415 году от Рождества Христова величайшая женщина из посвященных древнего мира. А с ней угасла неоплатоническая школа Александрии. Память о Гипатии и ее мученичестве хранит образ канонизированной Римской католической церковью св. Екатерины Александрийской.