Фатос быстро включился в деятельность, связанную с демократизацией Албании. В апреле 1991 – октябре 1992 года был секретарем Албанского Хельсинкского комитета. Ушел оттуда, когда понял, что комитет стал орудием в руках президента Сали Бериши, нарушающего права человека. С этого момента Лубонья не занимает никаких должностей, сосредоточившись на журналистской и литературной работе. Исключение он сделал один раз, в начале 1997 года, став одним из трех лидеров на «Форуме по вопросам демократии». Форум, на котором собрались представители девяти организаций и политических партий, призывал к спокойному диалогу в напряженной ситуации, вызванной падением финансовых пирамид, когда страна стояла на пороге гражданской войны.
Лубонья печатался на страницах изданий «Наше время» («Koha Jone»), «Албанская газета» («Gazeta Shqiptare»), «Века» («Shekulli») и «Курьер» («Korrieri»). В 1994 году он основал существующий до сих пор ежеквартальный журнал, посвященный культуре, – «Усилие» («Perpjekja»), чтобы, как он написал во вводной статье, «высвободить в сердцах албанцев склонность к мышлению, любви, сопереживанию и небезразличие к культуре как единому целому, а также нечто чуть большее, чем мужество, для распространения идеалов». Издатель и редактор Лубонья быстро собрал вокруг себя выдающихся представителей интеллигенции из Албании и Косова, и журнал был признан главным изданием общественно-культурной тематики.
В 1994 году Лубонья опубликовал свой дневник «На семнадцатом году», содержащий записи последнего года пребывания в коммунистической тюрьме, и повесть «Последний убой». Второй арест и приговор он описал в документальной повести «Второй приговор» (1996), ставшей потрясающим свидетельством судьбы мыслителя в тоталитарном государстве.
Деятельность Лубоньи оказала заметное влияние на самосознание албанцев в период преобразований. Он положил начало нескольким общенациональным дискуссиям, из которых наибольший отголосок имели две. Первая (1995) касалась взаимоотношений между албанцами Албании и Косова. В другой, проходившей в два этапа – в 1995 и 2002 годах, речь шла о роли литераторов, особенно Исмаила Кадаре, выдающегося современного албанского писателя, лауреата премии Букера 2005 года, несколько раз выдвигавшегося на Нобелевскую премию по литературе, в создании национал-коммунистической идеологии.
В 2001 году Албанский фонд для гражданского общества избрал Лубонью Человеком года – 2000, он также лауреат многочисленных премий, в том числе премий «Золотая голубка за мир», присуждаемой итальянским Archivio Disarmo (1997), «Human Rights Monitor» от Human Rights Watch за правозащитную деятельность (1997), итальянской премии им. Альберто Моравиа (2002), немецкой им. Гердера (2004) и голландской премии Фонда князя Клауса в области литературы и журналистики (2015).
Вместе с художником Адрианом Иусуфи Лубонья создал инсталляцию «Постблок», представляющую коммунистическую изоляцию. Она была установлена в 2009 году в Тиране напротив бывшего здания ЦК Албанской партии труда. Живет между Тираной и Флоренцией, продолжает редактировать журнал «Усилия» («Perpjekja»), занимается литературной деятельностью, журналистикой, фотографией.
Албания: Роль гражданских исков в борьбе с критикой // Прекращение «сдерживающего эффекта». Работа над отменой законов, предусматривающих уголовную ответственность за клевету и оскорбление: Материалы круглого стола на тему «Что можно сделать для декриминализации клеветы и отмены законов об оскорблении». Париж, 24–25 ноября 2003 г. / под ред. А. Карлсрайтер и Х. Вуоко. Вена, 2004; То же: URL:(дата обращения 15.10.2018).
Из дневника Фатоса Лубоньи. [С биогр. справкой] // НЛО. 2007. № 84. («1990. Декабрь»).
Diario di un intellectuale in un gulag Albanese. Lungro, 1994.
Ne vitin e shtatembedhjete. (Ditar burgu 1990–1991). Tirana, 1994.
Ploja e mbrame. Tirana, 1994.
Ridenimi. Tirana, 1996.
Eqerem. Prison Life under Albania’s Enver Xoxha // Transitions. 1997. № 1.
Liri e kercenuar. Tirana, 1999.
Privacy in Totalitarian Regime // Social Research. 2001. № 1.
Between the Glory of a Virtual World and the Misery of a Real World // Albanian Identities. 2002.
Zwischen Lokalem und Universalem // Europa Schreibt. 2003.
Intervista sull’Albania, Dalle carceri di Enver Hoxha al liberismo selvaggio / a cura di Claudio Bazzocchi, Il Ponte. Bologna, 2004.
Wolno's'c zagrozona. Wyb'or publicystyki z lat 1991–2002 / przedm. K. Gebert. Sejny, 2005.
N"ent"edhjeteshtata. Tirana, 2010.
The false Apocalyps. London, 2012.
Horodyska D. Liri. Saga rodziny Lubonj'ow, alba'nskich intelektualist'ow // GW. 22.03.2002 («Wysokie Obcasy»).
Lubonja Fatos // Fjalor enciklopedik i viktimave t"e terrorit komunist, Instituti i Studimit t"e Krimeve dhe Pasojave t"e Komunizmit. Т. 5. F. 101–102. Tirana, 2016.
Болгария