13 июля 1793 г., спустя полтора месяца после якобинского переворота, один из его вдохновителей и вождей Жан Поль Марат (1743–1793) был заколот в своей квартире дворянкой по имени Шарлотта Корде. Картина «Смерть Марата» (1793 г.) была закончена художником меньше чем за три месяца и повешена в зале заседаний Конвента. Давид, посетивший Марата накануне его смерти, а затем назначенный распорядителем похорон, хорошо знал обстоятельства убийства. В момент гибели Марат сидел в ванне: из-за кожной болезни он был вынужден так работать и принимать посетителей. Не являются вымыслом художника и залатанные простыни, и простой деревянный ящик, заменявший стол. Однако сам Марат, тело которого было обезображено болезнью, под кистью Давида превратился в благородного атлета, подобного античному герою. Простота обстановки придаёт зрелищу особую трагическую торжественность. Ванна напоминает саркофаг; ящик, на котором, как на пьедестале, начертано посвящение: «Марату — Давид», — выразительный рубеж, разделяющий погибшего и зрителей; пустое сумеречное пространство фона — образ вечности, где пребывает павший герой.
Первый план картины залит идущим сверху светом; тело Марата и предметы вокруг, написанные плотными мазками неярких, но предельно насыщенных красок, почти осязаемы. Нейтральный фон исполнен в более лёгкой и зыбкой манере, в его тёмной глубине тускло светятся искорки мазков. Все детали несут определённый смысл: нож на полу — орудие мученичества Марата; зажатое в руке окровавленное письмо Корде — её притворная просьба о помощи; лежащая рядом с чернильницей ассигнация — видимо, последние деньги, которые Марат собирался отдать просительнице. Это «документальное» воспроизведение его милосердия, которым коварно воспользова лась убийца, не соответствует историческим фактам: на самом деле Корде проникла к нему под предлогом доноса. Картина «Смерть Марата» — политический миф, созданный Давидом, но миф красивый и возвышенный, в котором реальность сплетается с вымыслом.
В сентябре 1792 г. Давид был избран депутатом в Конвент, высший законодательный и исполнительный орган Первой республики, а после переворота 31 мая — 2 июня 1793 г., когда к власти пришли якобинцы, фактически стал проводником правительственной политики в области искусства. Давид руководил также организацией национальных празднеств; в его задачи входило и прославление погибших революционеров, официально объявленных «мучениками свободы».
После нового переворота в июле 1794 г. Давид, как видный якобинец, был арестован и предстал перед следствием. Однако он сумел доказать свою непричастность к массовым казням 1793–1794 гг. и был освобождён в августе 1795 г.