Следующий период в жизни мануфактуры был переломом в ее производстве. В 1839 году фабрика выработала собственных миткалевых ситцев около 8 тысяч кусков, а в 1842 году на собственной фабрике их было изготовлено менее четверти этого количества. Расширявшиеся торговые обороты требовали большого количества более доступного по цене товара, чем тот, который производили набойщики на Трех Горах; приходилось с каждым годом увеличивать заказы машинных ситцев по собственным миткалям или приобретать их из вторых-третьих рук. В ноябре 1840 года Яков Васильевич писал одному из своих покупателей и комиссионеров Е. Н. Дрябину: «Мы отдавали свои миткали Битепажу под набивку ситцев, но пользы никакой не учитываем».
Что же касается второй отрасли производства — ткачества, то тут дела обстояли много хуже. Наводнение русских рынков английскою пряжею подняло кустарное ручное ткачество по деревням до невероятных размеров. Производство миткалей, отчасти и других хлопчатобумажных тканей, вследствие конкуренции кустарей, в городе стало делом совсем безвыгодным. Начавшее нарождаться механическое ткачество хлопчатобумажных тканей по условиям того времени, о чем будет сказано ниже, завести в Москве не представлялось возможным.
Братьям Прохоровым приходилось или оставить насиженное в Москве место, бросить заведенное здесь и устроенное дело и переселиться со всем своим производством в провинцию, или же в пределах возможного расширить ситце- и платочнонабивное дело. Было решено пожертвовать ткацким делом, отвести ему второстепенное место в производстве. Хотя в это время платки, шали, покрывала и шлафры и составляли 3/4 всего фабричного производства, но братья Прохоровы ясно видели, что дальнейшее развитие их производства в этом направлении в будущем не открывает широких перспектив и что пора и им начать производство ситцев механическим путем.
В 1841 году на «Нижнем дворе» был выстроен новый каменный фабричный корпус, а вскоре же началось и постепенное оборудование его и других частей фабрики для нового дела.
Усиленные постройки продолжались и в следующем году, так было выстроено еще два каменных корпуса, в три и четыре этажа, кубовая красильня в три этажа (низ каменный), кухня и спальня. В один этот год на строительные надобности было израсходовано более 165 тысяч рублей серебром, что по тому времени составляло громадную сумму.
В этом же году началось усиленное оборудование фабрики: из Бельгии было получено два паровых котла, а с завода Шепелева — первая на фабрике паровая машина.
Вопрос о паровой машине решался довольно долго; вначале предполагалось приобрести ее через английскую комиссионерскую контору в Петрограде Ивана Бука. Но, очевидно, высокая цена, которую просил Бук, и дальний срок доставки машины заставили Прохоровых остановиться на машине русского завода.
28 марта 1842 года Яков Васильевич писал конторе Бука: «Извините, на письмо Ваше от 12 с. м. ответом запоздали: причиною того то, что мы все думали решиться кончить Вашу машину, но ныне уже оную кончили на заводе Шепелева, а поэтому Ваша нам ненадобна».
Одновременно с постановкою котлов и паровой машины шла постановка и оборудование ситцепечатного отделения сначала на одну трехколерную машину. Вследствие задержки печатных валов, выписанных из Англии через контору Бука, первая партия собственных машинных ситцев не могла появиться раньше конца 1842 года.
В марте Яков Васильевич писал Буку: «Насчет заказанных Вам б валов английских медных мы недоумеваем: как Вам сделать залог в оных на 5 300 рублей ассигнациями, когда мы с Вами только в первый раз это дело начинаем и не знаем, каковы оные будут готовыми? В таком случае не решаемся иначе Вам платить, когда увидим на оных выпечатанные образцы. А что касается до верности заказа, то Вы имеете от нас записку, а в подобных обстоятельствах нам доверяют, нашему честному слову, и еще никто от нас не имел в оном неприятностей. Итак, мы желаем, только бы с Вашей стороны было все исправно соблюдено, а от нас противного не встретите».
10 июня Яков Васильевич напоминает Буку: «Очень жалеем, что Вы не сдержали аккуратно Вашего слова, доставить валы в мае месяце, потому мы сколько-либо успели за лето на оных сработать на Нижегородскую ярмарку».
7 ноября Я. В. писал П. А. Быковскому: «Мы теперь устанавливаем машины и начинаем работать ситцы; я полагаю, что в Ирбите будем оных производить довольно». Но, очевидно, новое дело не сразу наладилось, так как лишь в январе следующего 1843 года Яков Васильевич решился уведомить своих покупателей о начале выработки им собственных машинных ситцев. «У нас теперь стали выходить машинные ситцы довольно хорошо, — пишет он покупателю из Украины, — и продаем недорого, коими могу Вам рекомендоваться и прошу быть оных покупателями».