Прежде всего оказалось неудовлетворительным и недостаточным освещение. Для усиления ночных работ понадобилось много светильного газа, поэтому в первую очередь пришлось выстроить газовый завод. За счет закрытия граверной и некоторых других отделений, которые уцелели в Москве, не расширяя фабричных зданий, вскоре же представилась возможность пополнить печатное отделение еще двумя печатными машинами, а вместе с этим увеличить и другие отделения ситценабивной фабрики.
В целях увеличения производства на Трех Горах уже в мае 1878 года в уцелевших каменных корпусах было устроено палильное отделение и поставлено 9 красильных барок и б промывных колес.
Серпуховская фабрика, работавшая круглые сутки, ежедневно вскоре же стала давать до 2 000 кусков напечатанного товара. При этом торговые дела в Москве шли так хорошо, как никогда.
Те отделения фабрик товарищества, которые уцелели от пожара, с успехом продолжали свою деятельность. В ткацкой фабрике на 80 ручных ткацких станах продолжалась работа кашемира и других мелкоузорчатых, преимущественно широких тканей. В набойщицких мастерских производились усиленно работы 200 набойщиками; в кубовой красильной оставалось в действии 26 красильных кубов и соответствующее им количество других машин. Число всех рабочих на Трехгорной фабрике в Москве простиралось до 700 человек.
Устроив дела на Серпуховской своей фабрике, Иван Яковлевич занялся разработкой проекта новой ситценабивной фабрики в Москве. Проект этот был составлен согласно современным условиям ситценабивного дела. Расположение всех частей фабрики было спроектировано так, чтобы суровый товар, поступив в одном ее конце, постепенно переходя из одного отделения в другое, выходил бы совершенно готовым в другом.
Зимой 1878–1879 года была в значительной мере сделана заготовка строительных материалов, а ранней весной уже было заложено и новое здание фабрики. К осени того же года стены огромного по тому времени двухэтажного каменного корпуса, протянувшегося по берегу Москвы-реки, были уже готовы и покрыты крышей. Зимой были выложены между железными балками и своды обоих этажей, сделаны полы и оконные рамы, а летом 1879 года началась установка выписанных из Англии с завода Матсер-Платта машин новейшей конструкции. В первую очередь были поставлены отбельные кубы. Это дало возможность частью разгрузить Серпуховскую фабрику, а вместе с тем и усилить выработку товаров. Отбельная в 1880 году имела выпуск товара в количестве свыше 500 000 кусков, и уже не представлялось надобности в отдаче товара для отбелки на другие фабрики.
Прохоровская фабрика, начиная с 80-х годов, получила несколько иное направление, чем раньше. Товарищество начинает прокладывать новые пути, вырабатывает определенную программу и старается поставить дело более рационально. Этот поворот, намеченный Иваном Яковлевичем, был воспринят его приемниками, сыновьями Сергеем и Николаем Ивановичами. А. Я. Прохоров, оставшись в 1881 году главою мануфактуры, передал руководство всеми делами, коммерческими и техническими, своим племянникам, за собою же оставил только общее наблюдение. Болезненное состояние мешало ему самому работать так же деятельно, как он работал с братом, и теперь он принимал участие в ведении дел преимущественно советами, направляя молодых фабрикантов.
Братья Сергей и Николай Ивановичи Прохоровы были почти однолетки. Иван Яковлевич и в особенности их мать Анна Александровна, признавая необходимость образования для руководителей большого промышленно-коммерческого дела, решили дать своим сыновьям основательное общее образование. Отправить детей за границу они не решились, боясь сделать из них космополитов, оставить в Москве, в среде торгово-промышленной молодежи того времени, тоже считали не совсем надежным. Было избрано нечто среднее: сыновья были определены в Ревельскую губернскую гимназию. В то время в Остзейском крае не только преподавание в гимназиях велось на немецком языке, но и весь строй школьной жизни был строго немецкого уклада, почти средневекового характера.
В декабре 1877 года братья Прохоровы кончают курс в Ревельской гимназии. Родители охотно разрешают обоим сыновьям получить высшее образование сообразно их склонностям. Сергей Иванович поступает на естественное отделение физико-математического факультета Императорского Московского университета, а Николай Иванович — на юридический факультет.
Сергей Иванович родился 5 декабря 1858 года. Уже в детстве он выделялся среди своих сверстников; его пытливому уму до всего было дело, всякая новая вещь, появлявшаяся в доме, возбуждала в нем интерес; и если новая ваза или статуэтка разбиты, то уж это наверное он удовлетворил свое любопытство. Сергей Иванович уже с детства проявлял глубокий интерес ко всякому делу, ко всему относился сосредоточенно, вдумчиво. Подготовляя урок к следующему дню, он заинтересовывался часто целым отделом данного учебного предмета и самостоятельно штудировал до конца весь отдел.