Во втором периоде появились алхимики, напрямую говорившие о возможности получения золота и серебра из других металлов. Наибольшую известность и авторитет у алхимиков получило имя Гермеса Трисмегиста (Hermes Trismegistus, т. е. трижды величайший) - легендарного основателя оккультизма. Гермес Трисмегист - своеобразное мифическое объединение египетского бога Тота и греческого бога Гермеса (правда, некоторые исследователи считают, что такая личность была в действительности). По его имени алхимия, астрология, магия и медицина были объединены в комплекс т.н. герметического искусства (hermetica). Непосредственно сама герметическая философия изложена в трактатах т.н. высокого герметизма, основным из которых является «Герметический корпус» (18 трактатов). По преданию, Гермесу Трисмегисту принадлежала и т.н. «Изумрудная скрижаль» (Tabula smaragolina), в которой записана вся мудрость Египта, раскрывающая тайны Вселенной, изложенные в 13 тезисах. Основной смысл «Изумрудной скрижали» - «то, что внизу, существует так, как оно есть наверху, а то, что наверху, существует так, как оно есть внизу, чтобы воплотить собой явленность единого сущего. И вот как все сущие произошли от одного при посредстве единого: все сущие появились от этого единого сущего благодаря уподоблению… И потому космос суть творение» (Гермес Трисмегист. Высокий герметизм/ Пер. Л.Ю. Лукомского. СПб., 2001). Это основа основ алхимии и астрологии.
В третьем периоде появилась уже стройная теория и учение о превращении неблагородных металлов в золото при помощи Философского Камня. С этого времени алхимики занимались в основном поисками этого универсального вещества. Один из авторитетов этого периода - величайший деятель медицины Средних веков Авиценна (978-1036), автор обширного энциклопедического труда «Канон врачебной науки», который в своей практике соединил алхимические изыскания с поисками новых средств врачевания. Кроме него заметный след в алхимии этого периода оставили Джабир ибн Хайян Абу Муса, более известный под латинизированным именем Гебер (ок. 721-815). Он является первооткрывателем азотной и серной кислот, а также царской водки - соединения, растворяющего золото. Необходимо назвать еще одного крупнейшего арабского алхимика и врача Разеса (Абу-Бакр Мухаммед ибн Закария ар-Рази, 865-925). Ему принадлежат такие сочинения, как «Книга тайн» и «Книга тайны тайн». Он считал, что «в основу химического превращения вещества положены пять принципов: творец, душа, материя, время и пространство».
В четвертый период задача превращения металлов в золото считалась уже решенной. Наибольшую известность получил англичанин Роджер Бэкон (1214-1284 или 1292), итальянец Фома Аквинский (1225 или 1226-1274), испанец Раймонд Луллий (1233 или 1235-1315?), француз Фламель, а также Парацельс. Бэкон впервые описал порох, ему принадлежит труд «Зеркало алхимии» (1267), его основным принципом стал девиз «знание - сила», «не слепая традиция, а только опыт и наблюдение, лежат в основе истинного знания».
Фома Аквинский, профессор теологии Парижского университета, причисленный в 1323 к лику святых, написал несколько трактатов по алхимии. Правда, более известны его теологические трактаты «Сумма против язычников» и «Сумма теологии». Луллий описал способ приготовления азотной кислоты, считал, что главным алхимическим принципом, без которого невозможно достичь никаких результатов, является обращение к Богу. Кроме алхимии он занимался также физикой и философией. С XVI в. к чисто алхимическим поискам способов превращения одного вещества в другое вновь стали примешиваться медицинские устремления. Особенно это видно в трудах Парацельса. Именно в этот период алхимия и медицина наиболее тесно соприкасались друг с другом.
Если до XVII в. алхимики работали в основном в уединении, то с начала XVII в. начали создаваться целые алхимические общества. Первое из них - «Братство красного креста», более известное как Общество розенкрейцеров. Оно действовало вплоть до сер. XVIII в. в основном в Германии. Во Франции действовало «Общество Розы», которое кроме всего прочего занималось разработкой т.н. «вечного двигателя» (perpetuum mobile). Кроме того, известно «Нюрнбергское общество», секретарем которого состоял Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646-1716). Он был одним из самых образованных людей своего времени, основателем и президентом Бранденбургского научного общества (позднее Берлинской академии наук), философом, физиком, языковедом, математиком, одним из создателей дифференциальных и интегральных исчислений.
Тем не менее занятия алхимией во все времена не приветствовались. В первую очередь это было связано с тем, что алхимики покрывали свою деятельность завесой тайны. Непосвященный не мог проникнуть в смысл алхимических трактатов, спрятанный за туманными аллегориями. Это рождало массу досужих домыслов и слухов. Алхимики подвергались всяческим преследованиям со стороны как светских, так и духовных властей, подозревавших их в сношениях с дьяволом.