В апреле 1999 года по инициативе КНБ Казахстана, согласованной с президентом, была создана межведомственная комиссия для нейтрализации РНПК и лично Кажегельдина. В мае 1999 года КНБ разработал план спецмероприятия — похищения Кажегельдина на территории Чехии, куда он должен был прибыть для неофициальной встречи с премьер-министром РК Балгимбаевым. Намечалась нелегальная депортация Кажегельдина в Казахстан, однако он не приехал на встречу.
Руководство КНБ ведет активные спецмероприятия в отношении главного редактора газеты «ХХI век» Б. Габдуллина. За ним было установлено оперативное наблюдение. Предпринимались попытки его вербовки в качестве осведомителя. В окружение Габдуллина забрасывалась информация о его контактах с КНБ. Представители КНБ вызывали его на профилактические беседы. На счета газеты были перечислены денежные средства одной из коммерческих фирм Р. Алиева, но Габдуллин отправил деньги назад. Оперативники из КНБ провели скрытую съемку получения Габдуллиным денег и пытались его шантажировать. Когда он отказался от сотрудничества с КНБ, материалы оперативного слежения были показаны по телеканалу, который контролирует Р. Алиев. В январе 2000 года в отношении Габдуллина было возбуждено уголовное дело.
В сентябре 1999 года КНБ Казахстана провел эффективную спецоперацию в отношении одного из ближайших к Кажегельдину людей — его адвоката, руководителя штаба избирательной кампании РНПК В. Воронова. С использованием средств психологического давления Воронову было предложено подписать политическое заявление о выходе из РНПК, с осуждением Кажегельдина. В обмен на это Воронову и членам его семьи была гарантирована безопасность в Казахстане. В целях пропагандистского обеспечения акции активно использовалась пресса, финансируемая Р. Алиевым.
Спецоперация КНБ по экстрадиции А. Кажегельдина
10 сентября (на следующий день после подписания заявления В. Вороновым) А. Кажегельдин был задержан милицией аэропорта Шереметьево-2 в Москве. Операция по задержанию с целью депортации готовилась КНБ РК по согласованию с отдельными руководителями среднего уровня из МВД России под прикрытием Казахстанского национального бюро Интерпола. МВД, Генеральная прокуратура, МИД и политическое руководство РФ в известность поставлены не были.
Многочисленные протесты международных общественных организаций, публикации в прессе, обеспокоенность Запада (Государственный департамент и администрация США) приостановили осуществление спецоперации. Быстро депортировать Кажегельдина не удалось. В результате российские руководство оказалось в сложном положении: с одной стороны — угроза конфликта с Западом, с другой стороны — угроза конфликта с руководством Казахстана. Ситуация была разрешена в пользу международной репутации России: Кажегельдину дали возможность выехать за рубеж.
КНБ Казахстана активно использовало данную ситуацию для публикаций материалов с обвинениями против Кажегельдина, в том числе в российской прессе. Однако в целом спецоперацию следует считать неудавшейся, поскольку она не достигла главной цели и вызвала повышенное внимание к проблемам политической оппозиции, соблюдению прав и свобод граждан Казахстана.
В декабре 1999 года в Алма-Ате была арестована группа бывших сотрудников охраны А.Кажегельдина — члены РНПК. Им инкриминированы хранение оружия и наркотиков. КНБ не удалась попытка привязать к этому делу А. Кажегельдина как вдохновителя готовящегося террористического акта. К обвиняемым применялись методы физического и психологического давления. П. Афанасенко допрашивали непрерывно в течение 48 часов. Для получения признательных показаний использовались психотропные средства. Несмотря на протесты международных наблюдателей, суд приговорил П. Афанасенко и С. Ибраева к 3,5 года лишения свободы.
Двойная игра
С октября 1998 года по настоящее время резко возросло значение КНБ Казахстана как основного инструмента борьбы с политической оппозицией. При этом целенаправленно избранные КНБ методы борьбы исключили всякую возможность достижения компромисса и разрешения конфликта политическими средствами. Намеренно обостряя политическое противостояние между властью и оппозицией, КНБ в то же время провоцировало усиление и консолидацию оппозиции на базе противодействия силовому давлению властей.
Действия спецслужбы имели двойной эффект. Внешне они были направлены против оппозиции и Кажегельдина и с этой точки зрения представлялись президенту Назарбаеву как отвечающие интересам действующей власти. Однако объективно любое действие вызывало легко прогнозируемое эффективное противодействие, которое было этой власти абсолютно не выгодно.