Ночью с 23 на 24 августа в результате попытки боевиков спуститься в долину в 5 км восточнее села Кан начался бой. По официальной информации из Министерства внутренних дел Киргизии, боевики отступили в глубь ущелья. По уточненным данным, на 24 августа боевиков уже не менее двухсот человек, и они относятся к непримиримой исламской оппозиции, которая базируется в Джиргатальском и Гармском районах Таджикистана и которую возглавляет Джума Намангони. Непосредственно в Баткенском районе Киргизии боевиками командует полевой командир Азизхан.
24 августа — в прямой связи с событиями в Баткене — указом президента Аскара Акаева отправлен в отставку министр обороны генерал-полковник Мырзакан Субанов. Непосредственное руководство боевыми действиями на юге республики возложено на командующего Национальной гвардией республики генерал-лейтенанта Абдыгула Чотбаева.
В тот же день в Бишкеке начался саммит так называемой «Шанхайской пятерки». Среди прочих в повестке дня стоит и вопрос о сотрудничестве в области борьбы с международным терроризмом, религиозным экстремизмом, сепаратизмом и незаконным оборотом наркотиков.
25 августа. Боевиков, по последним данным, уже более трехсот пятидесяти человек. Согласно источникам в правоохранительных органах Узбекистана, этот же отряд, который состоит из узбеков, таджиков, арабов и афганских пуштунов, еще 20 августа совершил нападение на метеостанцию близ границы с Таджикистаном (ледник Абрамова). Бандиты захватили 10 сотрудников метеостанции и 6 местных туристов. Метеорологов позже отпустили. В Министерстве национальной безопасности Киргизии есть информация о том, что небольшими группами пробираются через киргизскую территорию в Узбекистан не менее тысячи человек. Состоялись телефонные переговоры между президентом Киргизии Аскаром Акаевым и премьер-министром Японии Кэйдзо Обути по поводу находящихся в заложниках японских граждан. Ситуацию в Баткенском районе и совместные действия Киргизии и Таджикистана по уничтожению боевиков Аскар Акаев обсуждал и с таджикским президентом Эмомали Рахмоновым.
25 августа в ходе ночного боя боевикам удалось захватить еще два села, и, таким образом, они контролируют уже пять населенных пунктов. Ночью с 24 на 25 августа террористами взорван мост через реку Сох, связывающий ущелье, где находятся боевики, с Баткеном. Таким образом, бандиты отрезали от себя группировку правительственных подразделений. По данным разведки, общая численность боевиков в Баткенском и Чон-Алайском районах достигает уже тысячи человек.
28 августа Киргизия, Казахстан, Таджикистан и Узбекистан подтвердили единство позиции в отношении преступных действий бандформирований на юге Киргизии. Они квалифицируются как акции терроризма, поддерживаемые непризнанными международным сообществом организациями из других стран.
29 августа с обращением к народу республики выступил президент Киргизии Аскар Акаев.
Объявлен указ президента о назначении нового министра обороны — им стал Эсен Топоев, работавший до сих пор секретарем Совета безопасности республики.
30 августа. Два самолета неустановленной принадлежности подвергли бомбардировке село Кара-Тейит в Чон-Алайском районе. Согласно источникам в Министерстве обороны, после ответа находившихся рядом с селом зенитных расчетов самолеты развернулись и ушли. Несколько жителей села погибли и получили ранения.
По основной версии, это могли быть самолеты узбекских ВВС, участвующие в совместной операции по ликвидации исламских террористов, совершившие ошибку при определении целей для бомбометания. Другой авиации, кроме узбекской, в этой части Ферганской долины, по мнению военных, просто нет.
В тот же день в районе Чон-Алайский около 16 часов дня возобновились полномасштабные боевые действия между правительственными силами и отрядами террористов. Со стороны правительственных войск имеются раненые. О потерях со стороны террористов неизвестно — своих раненых и убитых боевики уносят с собой. Накануне были освобождены четверо ранее захваченных боевиками местных жителей. Они были отпущены в результате переговоров, инициированных местными жителями и якобы сообщили о том, что все остальные заложники живы. Формально чрезвычайное положение в области не вводилось, однако улицы Оша патрулируются военнослужащими, у всех прохожих проверяются документы, на въездах в город установлены блокпосты. На юге республики полным ходом идет мобилизация резервистов.
31 августа в республике празднуется День независимости. Несмотря на все слухи о возможных терактах, праздник проходит спокойно.
В течение 1–3 сентября боевики ведут себя тихо, лишь по ночам происходят незначительные перестрелки. О судьбе заложников ничего конкретного не известно, на контакты террористы не идут.