В пригласительных письмах Иннокентий III наметил программу работ предстоявшего со бора: «Два дела наиболее озабочивают меня: освобождение св. мест и преобразование вселенской церкви. Я решил созвать всеобщий собор, который искоренил бы пороки, наса дил добродетели, исправил ошибки; преобразовал нравы, уничтожил ереси, укрепил веру, прекратил раздоры, водворил мир, оградил свободу, привлек к священной войне христианских князей и народы и, наконец, издал бы мудрые уставы для высшего и низшего духовенства». Собор принял 70 постановлений (канонов), осудил лжеучения Иоакима дель Фиоре, катаров и альбигойцев, определил наказания, которым должны были подвергаться еретики, и способ их передачи в руки светской власти, установил порядок стар шинства патриархов их отношения к Риму, обязал митрополитов созывать ежегодно синоды. Были приняты новые меры относительно церковной юрисдикции, дисциплины, избрания клириков, их нравов, епископских выборов, при вилегий людей церкви, проповеде.
Собор приглашал епископов учреждать школы для обучения клириков и «бедных школьников», где бесплатно преподавались бы грамматика и богословие. Над монастырями был установлен более правильный и строгий надзор, но запрещено было основывать новые Ордена и издавать новые монастырские уставы. Поединки были запрещены; духовным лицам запрещено было освящать своим благословением ордалии: испытания кипятком и раскаленным железом. Им рекомендовалось быть осторожными в наложении интердиктов; за незаконные отлу чения было установлено наказание. Запрещены были поклонение мощам, не признанным папой, и щедрая раздача индульгенций. Клирикам было предписано не требовать платы за бракосочетания и погребения, а довольствоваться доброхотными приношениями. Многие из этих постановлений свидетельствуют о возвышенном и смелом уме, высоком представлении относительно влияния церкви на общество, искреннем желании улучшить духовенство и сделать его по благочестию, просвещению и чистоте нравов достой ным своей роли. Но еслиэти мероприятия и делают честь Иннокентию III, то большая часть злоупотреблений, против которых они были направлены, пустили слишком глубокие корни, чтобы постановления одного собора могли искоренить их.
На соборе была выработана также обширная инструкция для предстоящего крестового похода. Крестоносцы должны были двинуться в путь в мае 1217 г.; были уже определе ны пункты, в которых должны были собраться отдельные отряды, и папа обещал приехать на место сбора, чтобы лич но благословить их. Но ему не суждено было дожить до этой радости: объезжая Италию для ускорения приготовлений к походу, он внезапно скончался в Перудже (июль 1216 г.), всего 56 лет от роду.