При слабом здоровье государя, естественно, мы видим в его время при Московском дворе умножение иноземных докторов, которые пользовались щедрым жалованьем и содержанием. Частные люди продолжали прибегать к знахарям и вообще к средствам народной медицины; но к тем боярам, которых царь хотел отличить, он посылал своего медика в случае их болезни. Кроме того, видим иногда казенных медиков или хирургов, отправляемых в полки во время похода. Вся казенная медицина находилась в ведении Аптекарского приказа, при котором, кроме докторов, состоял целый штат аптекарей, алхимистов (провизоров), костоправов, рудометов, окулистов, дантистов и пр. Все это были более или менее иноземцы, по преимуществу немцы, хотя иногда и родившиеся в Москве; впрочем, в данную эпоху находим уже и русских их учеников. На обязанности аптекарей и алхимистов лежало не только приготовление, собственно, лекарств, но и приготовление некоторых питей для царского обихода, например, анисовой, полынной и коричной водок. Во главе придворных медиков в последние годы Михайлова царствования встречаем трех иноземцев: Венделинуса Сибилиста, Гартмана Грамана и Ягануса Белово. Последний, собственно Иоанн Балау, был доктор медицины из Ростока и служил прежде профессором в Дерптском университете. Сибилиста, также доктор медицины, был вызван царем из Голштинии; он принимал участие в сватовстве принца Вальдемара, так как лекаря иногда исполняли дипломатические поручения; а пребывая за границей ради покупки медикаментов, он сообщал оттуда разные политические сведения и слухи. Граман также приехал из Голштинии и считался очень искусным врачом.
Медицинским ведомством или Аптекарским приказом начальствовал Фед. Ив. Шереметев; поэтому на нем и лежала главная забота о здоровье государя и всего царского семейства, что еще более приближало его к царю; вообще по смерти князя Ив. Бор. Черкасского (1642 г.) он сделался самым влиятельным из бояр. Из дошедших до нас документов Аптекарского приказа видим, что царя, подвергавшегося заболеваниям, доктора-иноземцы лечили по преимуществу кровопусканием, давали ему составленные ими порошки или микстуру и прописывали известную диету. Например, летом 1643 года во время Петрова поста главные придворные доктора прописали для больного государя следующее: «После кровопускания хорошо кушать свежую рыбу и раков в ухе, а жареную рыбу поливать лимонным соком, редьки и хрену не есть, пить доброе ренское вино или церковное с мелким нескоромным сахаром, доброе пиво, квас житный, но вина горячего, водки, меду и романеи не пить». По выздоровлении государь жаловал лекарей и аптекарей кубками или ковшами серебряными, персидским бархатом, камками, соболями и деньгами.
Много повредили здоровью Михаила ряд семейных потерь, т. е. смерть его детей: из 10 или 11, как мы сказали, у него в живых оставалось только четверо. Чадолюбивый царь тяжело переносил эти потери. Окончательный удар его чувствительному отцовскому сердцу нанесен был неудачным сватовством Ирины Михайловны за принца Вальдемара. Продолжительная и крайне неприятная возня с этим принцем совсем его расстроила: он сделался еще менее подвижен, и в конце апреля 1645 года сильно занемог. Три вышеозначенных доктора усердно принялись за его лечение. Ему давали ренское вино, настоянное разными травами и кореньями и подогретое, слабительные порошки, мази для наружного растирания; разрешили только легкий обед и запретили ужины, а также всякие холодные и кислые питья и уксус в кушаньях; советовали иногда воздерживаться от послеобеденного сна. Ф.И. Шереметев брал приготовленные лекарства и носил их в верх к государю; он требовал от докторов особого рвения. Но болезнь упорно держалась. Медики объясняли, что она происходит «от многого сиденья, от холодных питей и от меланхолии, сиречь кручины». Они же пророчили, что если болезнь продлится, то будут пухнуть ноги. Наконец, государю стало легче.