В своей борьбе с православием Ипатий Потей с особою силою напирал на то измышление, по которому уния будто бы не составляла какого-либо нововведения, а существовала издавна, т. е. будто бы русская иерархия в великом княжестве Литовском всегда признавала над собою папскую власть. Такое измышление он даже пытался доказывать историческими документами. Так, в 1605 году униатский митрополит лично прибыл в Виленскую ратушу со старою славянскою рукописью в руках и показывал ее бурмистрам и райцам. Эта писанная уставом рукопись, по его словам, была найдена в Кревской церкви; она заключала описание Флорентийского собора и, кроме того, униженное послание киевского митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, написанное в 1476 году. По просьбе Потея члены ратуши (большею настаю католики и униаты) своими подписями засвидетельствовали древность и подлинность рукописи, которую он потом напечатал, но не церковно-славянским, а латино-польским шрифтом. Этот документ, в сущности, указывал только на некоторые прежние, и притом неудавшиеся попытки к унии; тем не менее Потей считал вопрос решенным и на том же основании устроил при Троицком монастыре свое униатское братство, утверждая, что оно-то и есть продолжение или наследник древнего, одаренного королевскими привилегиями и разными имуществами, а что Святодуховские братчики суть отступники от него, не имеющие никаких юридических оснований. Во главе этого униатского братства стало такое значительное лицо, как новгородский воевода Федор Скумин Тышкевич, известный отступник от православия. Однако попытки униатов отнять у Святодуховского братства дома и другое имущество, вместе с королевскими грамотами, не удались. Король хотя и ревностно помогал униатам, однако далеко не все мог сделать при своей ограниченной власти. К тому же разразившееся около того времени восстание Зебжидовского побудило его хотя бы временными уступками успокоить негодующее православное население. Генеральные сеймы, по интригам королевско-иезуитской партии, уже не один раз отлагали до будущей сессии свое решение по жалобам православных на чинимые им притеснения, имущественные и вероисповеданные. Но в 1607 году, под впечатлением названного восстания, сейм подтвердил старые права Православной церкви и верховную власть над нею константинопольского патриарха; причем поставил эти права под охрану суда Трибунального; а тяжбные дела о церковных и духовных имуществах предоставил ведать обычным местным судам и отменил введенные было смешанные суды (compositi judicii), которые состояли наполовину из светских, наполовину из католических духовных лиц и, конечно, действовали против православия в пользу унии.
В эту эпоху успехи унии замедлились. Православные вступили с нею в более активную борьбу и громко заявляли, что Ипатий Потей, как ослушник своего владыки константинопольского патриарха, отлученный от Церкви, не может быть епископом владимирским, а тем менее митрополитом киевским, и потому необходимо поставить настоящего, православного митрополита, чтобы Русская церковь не оставалась без своего законного архипастыря. Даже в среде униатского духовенства произошли некоторые отпадения и возвращение к православию. Особенно много хлопот Потею наделали виленские архимандрит Сенчило и протопоп Жашковский.
Родом виленский мещанин Самуил Сенчило был монахом Супрасльского монастыря. Вместе с его настоятелем князем Масальским он противился введению унии, за что был изгнан патроном этого монастыря Иеронимом Ходкевичем. Вскоре потом он раскаялся и был принят в Троицкий Виленский монастырь, где своим смирением снискал расположение Потея. Последний возвел Сенчила в сан архимандрита и поручил ему управление как монастырем, так и всеми его имуществами и землями; ибо, с согласия и с помощью короля, униатский митрополит добился того, что виленские бурмистры были устранены от всякого вмешательства в это управление (1605 г.). Околотого же времени во главе белого Виленского духовенства появился Варфоломей Жашковский. Родом галичанин, он состоял безженным священником в городе Ярославле, Перемышльской епархии. Уличенный в любовной связи, он был местным епископом отлучен священства; после разных скитаний принял унию и обратился к покровительству Потея. Как бойкого, красноречивого проповедника, Потей возвел его в достоинство протопопа Пречистенского собора и наместника своего над виленским белым духовенством, взяв с него письменное обязательство не изменять ему, митрополиту, и унии.
Но вскоре сам Потей изменил своему доверию к сим двум лицам и возвысил над ними своего нового любимца, Иосифа Велямина Рутского.