Как митрополит Иов Борецкий, так и новопоставленный архимандрит Петр Могила вначале благосклонно относились к идеям Смотрицкого о некотором примирении и сближении, страдающей от неустройств и притеснений, православной Западнорусской церкви с Латинскою. Но когда они ознакомились с его Апологией и ясно увидали, что он коварным образом ведет дело к ненавистной унии, то изменили свое к нему отношение. Смотрицкий, прибыв на Киевский собор, хотел остановиться в Печерской лавре, где и происходил самый собор; но не был принят ее архимандритом, и остановился в митрополичьем Михайловском монастыре. Сюда явились к нему посланные от Собора четыре священника, с протопопом Андреем Мужиловским во главе, и спросили: намерен ли он держаться своей Апологии, которую Собор уже осудил как противную Св. вере? Мелетий дал уклончивые ответы и даже пытался защищать свою Апологию. Меж тем народ, и особенно казаки, стали собираться около монастыря и выказывать неприязненные чувства; они не скрывали своего намерения не только изгнать Смотрицкого из обители, но и накормить им днепровских осетров. Ввиду такой опасности он оробел и написал митрополиту просьбу о допущении его на Собор, изъявляя готовность прекратить дальнейшее печатание Апологии. Но у него потребовали торжественного от нее отречения и публичного покаяния. После разных уверток Смотрицкий явился в Печерский монастырь и принужден был подписать акт отречения от своей Апологии, на котором в особенности настаивал Петр Могила. На следующий день в праздник Успения этот акт во время литургии был торжественно прочитан с амвона, а Мелетий словесно выразил свое раскаяние. Затем собравшиеся владыки предали Апологию анафеме, некоторые листы ее разорвали, бросали на пол, топтали ногами и частию жгли; после чего бывшие в их руках свечи погасили. Только теперь Смотрицкий был допущен к соборным совещаниям. Но, как и следовало ожидать, подобное отречение и анафематствование не обратили Мелетия на путь истинный. После Собора Смотрицкий уехал в свой Дерманский монастырь и тотчас сбросил с себя маску. Он написал «Протестацию против Киевского собора», в которой заявил о полном согласии с своей Апологией, прибавив, что отречение от нее было вынуждено у него насильственно, а потому и недействительно. Теперь Смотрицкий окончательно порвал связи с православными и писал горячие полемические брошюры в защиту латино-униатов до самой своей смерти (последовавшей в 1633 году).
На Киевском соборе 1628 года, между прочим, был установлен ряд духовной цензуры, т. е. запрет православным людям издавать сочинения о церковных вопросах без рассмотрения и одобрения духовных властей. Вообще этот Собор обманул надежды латино-униатов: с помощью Смотрицкого привести православных к примирению и соглашению с унией. Туже попытку Велямин Рутский и его партия, с разрешения и одобрения короля, возобновили в следующем, 1629 году на соборах, новом Киевским и Львовским, но опять безуспешно. Таким образом, Православная и Униатская иерархии окончательно разделились в Западнорусской церкви.
Последующая за сим эпоха в истории этой церкви отмечена просветительной деятельностью Петра Могилы.