Еще до своего прибытия в Москву молодой государь потребовал от бояр посылки войска против Заруцкого, который со своими казацкими шайками держался на Рязанской и Тульской украйне. Кроме причиняемых его шайками грабежей и разорений, он казался опасным в особенности потому, что вместе с Мариной и ее маленьким сыном (якобы рожденным от Димитрия) представлял остаток самозванщины, все еще способной волновать глухие края своими мнимыми правами на московский престол. Против него отправили из Москвы князя Ивана Никитича Одоевского Меньшого, к которому на пути должны были присоединиться воеводы из разных городов. Московское войско настигло Заруцкого под Воронежем и здесь билось с ним целых два дня. Победа, о которой доносил Одоевский, по-видимому, не была решительная. Заруцкий после того ушел в степи и направился к Астрахани, которая в течение Смутного времени, в противоположность Казани, отличалась мятежным духом и пристрастием к самозванцам; чему подавал пример и сам воевода астраханский, князь Иван Дмитриевич Хворостинин. Принятый астраханцами, Заруцкий посредством убийства отделался от Хворостинина и начал самовластно распоряжаться в том краю, отчасти именем мнимого царевича Ивана Дмитриевича, а иногда выдавая самого себя за спасшегося от смерти Димитрия Ивановича. Зимою 1613 года он усердно начал готовиться к весеннему походу на стругах под Самару, Казань и другие волжские города, для чего пересылался с казаками донскими, волжскими, яицкими и терскими и звал их к себе на помощь, обольщая надеждою на богатую добычу и обещаниями всяких вольностей. Его обещания производили волнения и раздоры среди казачества, а терское войско открыто приняло его сторону. Ногайские татары с своим князем Иштереком изъявили готовность вместе с Заруцким воевать Московское государство. Он отправил гонца и к персидскому шаху Аббасу с тою же просьбою о помощи, за которую обещал отдать ему самую Астрахань.
Великая опасность, грозившая от мятежного казачества с юго-востока, вызвала в столице усиленные меры для борьбы с Заруцким. Из Москвы посылались многие грамоты, от царя, от духовенства, бояр и Великой Земской думы с увещаниями казачеству, чтобы оно оставалось верным новоизбранному царю и не соединялось с Ивашкою Заруцким; причем те же грамоты рассказывали о его вероломных, изменнических действиях во время московского разорения.
Увещания эти подкреплялись посылкою на Дон и на Волгу царских подарков деньгами, сукнами, хлебными и военными припасами. Отправленные против него воеводы, князь Ив. Ник. Одоевский и окольничий Семен Васильевич Головин, с дьяком Юдиным, собрав рать в украинных областях, зазимовали в Казани и с своей стороны также посылали увещательные грамоты казакам. Увещания, очевидно, подействовали. Казацкие общины с их атаманами, в свою очередь, начали пересылаться между собою, обсуждать дело в своих кругах. Тут скоро обнаружилось, что старые казаки более наклонны были служить новоизбранному царю Михаилу, а молодые тянули к Заруцкому, ради добычи и разгула. Часть покинула Заруцкого еще на походе его к Астрахани и принесла повинную; царь простил их и отправил под Смоленск. На место них в Астрахань пришло на Вербной неделе более пяти сотен волжских казаков, «хотевших добыть себе зипунов», как они выражались. Но прибытие их вместо помощи ускорило его падение.
Естественно, господство свое Заруцкий поддерживал казнями и пытками недовольных граждан и грабежом их имущества. Обижал также духовенство и кощунствовал: например, взял из одного храма серебряное кадило и велел слить из него себе стремена. Подобно калужскому вору, он окружал себя татарами, которых щедро кормил и поил и с которыми разъезжал по окрестностям. Марина, с своей стороны, держала себя высокомерно, наподобие царицы; помня московскую кровавую заутреню 17 мая, она между прочими мерами предосторожности, запретила благовест к заутрене, под предлогом, что он пугает ее маленького сына. С прибытием помянутого отряда казаков Заруцкий сделался еще более жестоким и самовластным, что наконец вызвало открытое восстание астраханцев; поводом к тому послужил пущенный между ними слух, что в самое Светлое воскресенье должна была произойти резня лучших граждан. Заруцкий с 800 волжских казаков и несколькими сотнями других мятежников заперся в Кремле, а восставшие граждане защищались на посаде; между той и другой стороной начались ожесточенные бои.
Решительный удар делу Заруцкого нанесло отложившееся от него, ближнее к Астрахани, терское казачество.