Дела управления сосредоточивались теперь по преимуществу в руках Боярской думы, которая является более чем когда-либо действительным и деятельным советом государевым. Во главе ее мы видим старых опытных сановников и ближних государю людей, каковы: Иван Борисович Черкасский и Федор Иванович Шереметев, а затем Иван Иванович Шуйский и Иван Андреевич Голицын. Дядя государя, Иван Никитич Романов, прозванный Каша, жил еще около семи лет после Филарета; но по своему характеру, а может быть, по старости и болезненному состоянию он за это время не выдается своим влиянием. (Умер в 1640 г., оставив сына Никиту.) По кончине родителя, Михаил Феодорович немедля вызвал из ссылки своих опальных родственников (по матери) Салтыковых, Бориса и Михаила Михайловичей и возвратил первому боярство, а второму окольничество. Но не видно, чтобы эти братья получили свое прежнее значение и влияние на дела, хотя и пользовались почетом и государевым расположением. Мы видим даже, что младший из них, Михаил Салтыков, только в марте 1641 года, т. е. слишком через семь лет, возведен в сан боярина; тогда как другие достигали этого сана гораздо скорее. Так, «дядька» или воспитатель царевича Алексея Михайловича, столь известный впоследствии Борис Иванович Морозов, и другой Морозов, Иван Васильевич, в 1634 году прямо из стольников были пожалованы в бояре; а около того же времени прямо из дворян в бояре были пожалованы Иван Петр. Шереметев и князь Петр Александр. Репнин. Незаметно, чтобы и родственники царицы Евдокии Лукьяновны получили какое-либо выдающееся значение. Сам отец ее, Лукьян Степанович, только в 1634 году, уже по кончине Филарета, был произведен из окольничего в бояре. Любопытно также не выдающееся при дворе значение такого старого и заслуженного боярина, как князь Борис Михайлович Лыков-Оболенский, несмотря на его родство с царем: он был женат на тетке Михаила Феодоровича, Анастасии Никитичне. Не говорим уже о боярине еще более славном и заслуженном, т. е. о князе Дм. Мих. Пожарском. (Скончался в 1642 г.) Судя по дворцовым записям, к наиболее приближенным лицам в эту эпоху принадлежали еще два боярина: князь Юрий Яншеевич Сулешов, крымский выходец, и Семен Васильевич Головин (шурин знаменитого Мих. Скопина-Шуйского).
По окончании второй польской войны важнейшая забота правительства Михаила Феодоровича сосредоточивается на ратном деле и обороне московских пределов. Может быть, именно исход этой войны и побудил обратить особое внимание на военную часть. Убедясь горьким опытом в превосходстве полков солдатского и особенно драгунского строя, правительство принимает меры к их возобновлению и дальнейшему развитию. Так, в 1638 и 39 гг., ввиду столкновений с крымцами и турками из-за Азова, государь приказывает набрать 8000 человек, половину их в пехотную солдатскую службу, а другую половину в конную драгунскую. Набирались они из вольных охочих людей, каковы: беспоместные дети боярские, иноземцы, татары, дети, братья и племянники стрелецкие или казачьи и всяких чинов люди, «которые ни в службе, ни в тягле, и ни на пашне, и в холопах ни у кого не служат». Всем поступившим на эту службу давалось по 3 р. на платье и поденное кормовое жалованье: боярским детям и иноземцам по 7 денег, а прочим по 8 денег (это в 1637 г., а в след., 1638 г. прибавлено каждому по 1 деньге). Солдаты свои мушкеты и пики, а драгуны коней и сбрую получали от казны. Правительство особенно старалось привлечь на эту службу тех охочих людей, которые уже состояли на ней под Смоленском. Старалось оно также привлечь сюда иноземцев. По заключении Поляновского договора оставшиеся наемные иноземцы были отпущены в их отечество; причем старшим их офицерам розданы похвальные грамоты за их службу, с разрешением воротиться в Москву, если кто опять пожелает служить ей. А оставшиеся на службе офицеры награждались жалованьем и поместьями. Набором и снаряжением солдатских и драгунских полков ведал особый «Приказ Сбору ратных людей», начальником которого в 1637 году видим князя Ив. Андр. Голицына, а в 1639 году Ив. Петр. Шереметева (племянник Фед. Ив-ча) — все большие бояре. Мушкеты, подсошки, бандолеты, пики выдавались им из Приказа Большой казны, которым начальствовал князь Ив. Бор. Черкасский; в 1638 году его сменил здесь Ф. Ив. Шереметев — самые большие бояре той эпохи.