Немцы хорошо укрепили Дуклинский перевал, стянув туда несколько ударных частей, что вело к существенным потерям у наступающих войск Красной Армии. Но Советский Союз, желая помочь словацкому народу, шел на эти жертвы, в то время как генерал Августин Малар, своими действиями, подставлял свой корпус под разоружение немецкими войсками. И германские войска, ободренные такой позицией командующего корпусом, начали свою операцию по разоружению Восточно-словацкого корпуса, под кодовым названием: «Сбор картофеля».
Невзирая на то, что некоторые подразделения Восточнословацкого корпуса переходили на сторону партизан, это не имело широкого размаха. Всё же это была пока незначительная часть этого корпуса. Корпус насчитывал 25 тысяч солдат и офицеров, а с приданными подразделениями и инфраструктурой более 30 тысяч, и мог в решающую минуту переломить ситуацию, в зависимости от того, на чью сторону он станет. Однако, при нерешительности офицеров корпуса, генерал Малар отдал приказ потребовать разоружения партизан, а в случае неподчинения арестовывать партизанских комиссаров, которых начали назначать партизаны в районах восстания и расстреливать их, если они не подчинятся приказу. Этот приказ, в связи с прогрессирующим развалом словацкой армии, уже не мог быть выполнен, но окончательную сумятицу в войска он, конечно, внес.
А немцы, в это время, ввели свои части на территорию корпуса и начали разоружение словацких частей. Большая часть корпуса попала в плен, а остальные, довольно неустойчивые солдаты, разбежалась по лесам. Но часть подразделений, возглавляемых полковниками Маркусом и Тальским, осталась на стороне партизан.
Тем временем, 38-я армия 1-го Украинского фронта, усиленная танковыми корпусами, под командованием генерал-полковника Москаленко, проделав стремительный бросок из районов Польши, и 1-й чехословацкий армейский корпус генерала Людвига Свободы, неся потери, наступали в направлении на Дуклю, не находя обещанной поддержки со стороны Восточнословацких дивизий. В конце сентября войска Красной Армии вышли к Дуклинскому перевалу, но овладеть им, а вместе с ним, и самым коротким путем в Восточную Словакию не смогли, и были остановлены, не доходя районов Габура и Боров, на стыке 1-го и 4-го Украинских фронтов.
А когда вспыхнуло восстание, и был создан в Банська-Бистреце Словацкий национальный совет, они оба, и полковник Маркус, и полковник Тальский, переподчинили имеющиеся в их распоряжении воинские подразделения – СНС. В той обстановке это было вполне естественно, когда Карол Шмидке стягивал на охрану аэродрома «Три дуба», который обеспечивал столицу восстания, партизанские отряды и воинские части из Восточной Словакии. Так же, как при подготовке восстания, так и в этот период, Ягупову приходилось встречаться с Каролом Шмидке и вести беседы по тактике партизанской борьбы. Эти встречи, которые оставили глубокий след в его душе, организовывал Войтех Боровский и о них часто вспоминал Балюта И.К. уже в мирное время.
В состав СНС вошли основные политические силы: двадцать четыре человека от компартии, такое же количество от буржуазных сил, которые себя именовало «Гражданским лагерем», и два командующих повстанческой армией, верные правительству Бенеша в Лондоне, Генералы Голиан и Рудольф Виест.
Но теперь и процесс распада словацкой армии, и процесс её перехода на сторону восставших стал схоластическим, и уже словацкие войска были не способны оказать содействие продвигающимся частям Красной Армии. Положение ещё усугублялось тем, что командование повстанческими армиями не подчинялось Совету обороны, а ориентировалось на указания буржуазного правительства из Лондона.
Многие члены Совета и военные были буржуазной ориентации, постоянно вели агентурную деятельность и интриги за влияние над боевыми подразделениями и всячески старались подставить под удар коммунистические силы.
Полковник Маркус с отрядом около 1000 человек, начав взаимодействовать с соединением «Чапаев», пошел на Маргецаны, а потом ушел в Банська – Бистрицу на поддержку столицы восстания. А Балюта и командиры отрядов стремились к полному переподчинению УШПД, поскольку они, в основном, были советскими гражданами. Словацкие же части, налаживая временные союзы, и даже периодически входя в подчинение отрядов советских партизан, стремились к созданию национального правительства.
В конечном итоге, ни полковник Тальский, ни полковник Маркус, в результате своих метаний, серьезного урона противнику не смогли нанести. Полковник Тальский, вступив в контакт и с чапаевцами, и с отрядом имени «Пожарского», который был передислоцирован с территории Украины, и с другими воинскими подразделениями, в конечном итоге, остался с небольшим словацким отрядом около двухсот человек.