В Богемии Габсбурги столкнулись с еще более сильной оппозицией. Королевство Богемия было наиболее богатым и влиятельным в Австрии и, как Нидерланды для Испании Габсбургов, наиболее проблемным. Чехи были гордыми и убежденными протестантами. Они гордились двумя прочными национальными течениями протестантизма — утраквизмом (учение, схожее с лютеранством) и богемскими братьями (нечто схожее с кальвинистами), которые стремились вернуться к гуситскому движению начала XV в. и отделяли себя от реформации XVI в. Два столетия чехи упорно отстаивали свою независимость от католичества и немецкой культуры. Рудольф II не был тем человеком, который мог разобраться с ними. Меланхоличный и неуравновешенный, император уединился в Праге, в замке в Градчине, собирая свою коллекцию искусства, практикуя науку и магию; периодически он пытался возродить католицизм в Богемии, поддерживая католиков, поощряя миссионерскую работу иезуитов среди утраквистов и выпуская эдикты против богемских братьев. Но в 1609 г. правительство Богемии утонуло в восстании. Стремясь подавить его, Рудольф издал свою Грамоту о величии — самый полный перечень всех религиозных свобод, когда-либо существовавший в Европе. Очевидно, что Габсбурги не добились многого в Богемии.
В немецком регионе Римской империи в конце XVI в. царила экономическая депрессия. Ганзейский союз северных немецких городов, которые некогда являлись доминирующими центрами торговли на Балтийском и Северном морях, был не в состоянии конкурировать с Голландией, Данией и Англией. Старый путь в Италию, пролегавший через всю страну, потерял свое значение. В Юго-Западной Германии, где города в XV — начале XVI в. были особенно богаты, а их жители активны, политическая раздробленность ощущалась наиболее сильно, в результате чего страдала и экономика. Каждый князь, стремясь к единоличной власти на своем маленьком клочке земли, поднимал налоги и платы, что препятствовало развитию торговли и тормозило промышленность. Семейство Фуггер в Аугсбурге — ведущие банкиры в Европе в середине XVI в., в чьих руках находились серебро Тироля и венгерская медь, — загнало себя в долговую яму к концу века, их империя быстро разрушилась. Пока Фуггеры и прочие ведущие предприниматели Германии теряли свое благосостояние, а города пустели, правители, наоборот, доминировали как никогда ранее.
Правители, и католики и протестанты, были разочарованы религиозным перемирием, над которым они работали в 1555 г. Одним из источников бед была экспансия кальвинистов. В 1559 г. Фредерик III из Пфальца (1515–1576) представил исправленную версию кальвинизма для центральной части Рейна. Поддерживающие его князья, и католики и лютеране, протестовали против насилия над Аугсбургским миром. Гейдельберг, столица Пфальца, стал своеобразной «германской Женевой». В университетах в 1563 г. сложился гейдельбергский катехизис — вероисповедание для германских реформаторских (или кальвинистских) церквей. Однако принцы Нассау, Гессена и Анхальта довольно быстро отвергли лютеранство, примкнув к германской церкви. В 1613 г. о своем решении сменить вероисповедание объявил и правитель Бранденбурга, который, хотя он и оправдывал формулу «Чья власть, того и вера», разрешал лютеранам поддерживать свою религию. Два из трех протестантских князей были теперь кальвинистами. Только курфюрст Саксонии оставался лютеранином.
В Германии адепты новой германской церкви действовали более агрессивно, чем лютеране, поскольку их договор между католиками и лютеранами 1555 г. не касался. Фредерик III и его наследники в Пфальце взяли на себя лидерство в протестантстве и, обнаружив, что иные правители либо были настроены слишком враждебно, либо были апатичны и бездейственны, обратились за помощью к французским гугенотам и голландским кальвинистам. Хотя германская реформированная церковь страдала от нехватки динамизма, в отличие от кальвинизма в Западной Европе, это не было спонтанным явлением среди германских джентри и торговцев. Оно полностью контролировалось государством. Его рост строго ограничивался. Несмотря на то что оно было направлено против лютеранства, оно было слабо распространено среди католиков.
Вторым серьезным источником нарастающего напряжения было распространение католической реформации за пределами империи. Южные части Баварии стали центром распространения католического миссионерства и политической силы. Герцог Баварии Альбрехт V (правил в 1550–1579 гг.) с энтузиазмом возобновил реформу совета Трента. Он перекрыл пути проникновения протестантской ереси, собрав группу агентов, которые контролировали каждую баварскую церковь, проверяли школы, цензурировали книги. Иезуиты были приглашены в баварские школы и университеты, придворные часто обучались за рубежом. Новый стиль вероисповедания привел к становлению политической автократии в Баварии.