В июле 1529 года конкистадору были переданы новые участки земли в столице Оахака. Кортес стал сеньором 22 поселений, и 23 ООО индейцев были объявлены его вассалами. Женившись на Хуане Суньига, дочери графа де Агилара, Эрнан получил доступ в дома испанской аристократии – грандов. Имя завоевателя гремело по всей Европе и в Новом Свете, так что Кортес, по свидетельству современников, соперничал в славе полководца с Александром Македонским, а в богатстве – с Крезом.
Весной 1530 года он в сопровождении супруги и своей престарелой матери доньи Каталины вернулся в Мексику, где посвятил себя преимущественно задачам колонизации. Он поддерживал выращивание сахарного тростника, разведение мериносовых овец и разрабатывал золотые и серебряные рудники. Но эти мирные занятия не могли удовлетворить его натуру авантюриста.
В 1535 году Кортес сам отправился в экспедицию, прошел вдоль побережья Калифорнийского залива до 30-го градуса северной широты. На юге Калифорнийского полуострова он основал город Санта-Крус, нынешний Ла-Пас. Но три корабля из экспедиции не вернулись назад. Финансовый ущерб, нанесенный Кортесу, составил в итоге почти 200 ООО золотых дукатов.
В 1540 году в сопровождении своего сына от индеанки доньи Марины дона Мартина Кортес высадился в Испании. Король отсутствовал, тем не менее, в столице знаменитому конкистадору был оказан пышный прием. Его тепло приветствовали в совете по делам Индии, но ощутимых успехов маркиз не добился. В 1541 году Кортес вместе с сыном принял участие в памятном алжирском походе Карла V. Во время шторма, который уничтожил часть флота, галера маркиза также стала жертвой стихии. Кортесам едва удалось спастись.
К сожалению, в Испании инициативы Кортеса не находили отклика у аристократов. По возвращении на родину король также не поддержал его планов расширить границы испанской империи за счет всей территории вновь открытого континента. После трех лет, проведенных в ожидании, Эрнан решил вернуться в Мексику. Однако ему удалось добраться лишь до Севильи. Там он заболел дизентерией. Кортес успел завершить свои земные дела и 11 октября 1547 года написал завещание. Он умер 2 декабря этого года в возрасте 62 лет.
Вначале завоеватель был погребен в фамильном склепе герцогов Медина-Сидониа. Через 15 лет его останки были перевезены в Мексику и захоронены во францисканском монастыре в Тескоко рядом с могилой его матери. В 1629 году маркиза опять перезахоронили – на сей раз его усыпальница была расположена во францисканской церкви в Мехико. В 1794 году его саркофаг был перенесен в «Больницу Иисуса из Назарета», когда-то учрежденную Кортесом. Эту могилу украшал простой надгробный камень и бронзовый бюст. Для того чтобы спасти останки от уничтожения, в 1823 году их пришлось тайно извлечь. В Неаполе, в склепе герцогов Террануова-Монтелеоне, потомков правнучки завоевателя, великий завоеватель обрел, наконец, свой последний приют. Высказанное в завещании пожелание Кортеса – найти вечное пристанище в Койоуака-не – осталось невыполненным. Покоритель Мексики похоронен вдали от тех мест, где познал триумф, вдали от страны, с которой его имя связано навеки.
Современники считали Кортеса щеголем и мотом, отмечали его приятную наружность, тонкое обхождение и умение располагать к себе людей. Его, как и других конкистадоров, характеризовали дерзость и жестокость в сочетании с религиозностью и огромной жаждой наживы, вероломством и презрением к культурным ценностям других народов. Из пяти писем Кортеса, написанных в период с 1519 по 1526 год, сохранилось четыре. Его послания королю – один из важнейших памятников литературы эпохи Великих географических открытий. В честь Кортеса названы семь городов и бухта.
Почестей удостоился не только он сам, но и его конь, в этом его тоже можно сравнить с Александром Македонским. В джунглях Петена (ныне область в Гватемале и Гондурасе) на озере располагался город народа ица (майя), Тайясаль – последний свободный город майя, в который испанцы вошли только в 1697 году. В городе они увидели великолепные дворцы, административные здания и 19 храмов. Оказалось, что один из храмов был посвящен Цимин Чаку – Громовому Тапиру, любимому вороному жеребцу Кортеса Моросильо. В 1524 году через территорию ица Кортес шел на усмирение бывших королевских офицеров, которые стали заводить в Центральной Америке собственные «державы», независимые от Кортеса и короля. Дружески настроенным ица Кортес оставил раненого коня. Лошади производили на индейцев еще большее впечатление, чем светлокожие и бородатые испанцы. Божественное животное кормили всем, даже человеческим мясом, но конь издох. Тогда майя-ица воздвигли храм в честь Громового Тапира, украсив его каменным изваянием коня.