Как уже было сказано, инки пострадали от появления европейцев на их континенте еще до начала завоевания испанцами. Черная оспа косила целые семьи не имевших к ней иммунитета туземцев. Но были и свои, внутренние проблемы. Когда в 1527 году умер Уайна Капака (Верховный Инка), высшая государственная должность должна была перейти к кому-то из его сыновей от главной жены. Обычно выбирался тот из сыновей, кто, по мнению монарха, мог лучше справиться с обязанностями. В Куско, столице инков, знать провозгласила новым императором Уаскара (его имя в переводе означает «сладкий колибри»). Но помимо Куско у империи был и другой важный центр. Последние годы своей жизни предыдущий Верховный Инка провел в Кито (нынешней столице Эквадора).
Поэтому здесь проживала и значительная часть двора. Город практически превратился во вторую столицу. Расквартированная в Кито армия отдавала предпочтение другому сыну Уайны Капака – Атауальпе (его имя переводится, как «дикий индюк»). Большую часть своей жизни он провел рядом с отцом на полях сражений. Это был человек острого ума. (Позднее испанцы удивлялись скорости, с которой он освоил игру в шахматы). В то же время Атауальпа был беспощаден и скор на расправу, доказательством этому служил страх придворных навлечь на себя его гнев.
Атауальпа выказывал лояльность по отношению к новому Верховному Инке, но отказывался прибыть ко двору брата, возможно опасаясь того, что Уаскар видит в нем соперника и попытается устранить. В конце концов Уаскар потребовал, чтобы брат находился рядом с ним при дворе. Отказавшись и на этот раз от приглашения, Атауальпа послал вместо себя послов с дорогими подарками. Уаскар, возможно под действием враждебно настроенных к его брату придворных, подверг пыткам людей Атауальпы, и казнил их. Вслед за этим он направил свою армию в Кито, приказав силой доставить Атауальпу в Куско. Последний призвал верных ему воинов к оружию.
Армия Куско вначале даже сумела взять в плен Атауальпу. Но ему удалось бежать и присоединиться к своим. В последовавшей за этим битве его войска победили. Уаскар в срочном порядке собрал вторую армию и отправил ее в Эквадор. Новобранцы тем более не могли сравниться с ветеранами Атауальпы и были разбиты в двухдневном бою. В итоге Атауальпа захватил в плен Уаскара и с триумфом вступил в Куско, после чего началась жестокая расправа над женами, друзьями и советниками неудачливого брата.
В 1532 году Писарро с Альмагро вернулись в Тумбес вместе с двумя сотнями хорошо вооруженных авантюристов. На месте когда-то цветущего города они застали лишь руины: он сильно пострадал от эпидемии, а потом и от гражданской войны. В течение пяти месяцев Писарро двигался вдоль побережья, по пути грабя склады инков. В итоге конкистадор отправился ко двору Атауальпы. Девять из его людей, напуганные перспективой оказаться в гористой местности во владениях инков, повернули назад. Испанцев поражали мощеные каменными плитами местные дороги с высаженными по обочинам деревьями, а также каналы, облицованные камнем.
Узнав о продвижении белых людей внутри его страны, Атауальпа пригласил их к себе в гости. Со слов посла он понял, что испанцы выглядят и настроены дружелюбно. Во время встречи с послом Писарро сделал подарки монарху и много говорил о мире.
Завоеватель прибыл в Тумбес 13 мая 1532 года и двинулся в Кахамарку со 110 пешими и 67 конными воинами. Атауальпа был осведомлен об этом из донесений разведки. Разведчики уверяли, что кони не видят в темноте, что человек и конь – единое существо, которое при падении уже не способно сражаться, что аркебузы испускают лишь громы, да и то лишь дважды, что испанские длинные стальные шпаги совершенно бесполезны в битве.
Отряд конкистадоров на своем пути мог быть уничтожен в любом из ущелий Анд, но этого не произошло. Заняв защищенную с трех сторон стенами Кахамарку, испанцы передали императору приглашение прибыть в город на встречу. До сих пор никто не может объяснить, почему Атауальпа дал завлечь себя в ловушку. Он прекрасно знал о силе чужеземцев, причем излюбленным тактическим приемом самих инков была именно засада. Возможно, император был движим какими-то особыми побуждениями, недоступными пониманию европейцев. Под вечер 16 ноября 1532 года Атауальпа явился на площадь Кахамарки во всем своем великолепии, в сопровождении многочисленной свиты – правда, безоружной, как того потребовал Писарро.
Атауальпа упрекнул испанцев за разграбление его складов и за пренебрежительное отношение к индейцам на побережье. В ответ испанцы начали хвастаться своим воинским искусством и предложили воспользоваться их услугами. Во время встречи Эрнандо де Сото хотел напугать Атауальпу и почти наехал на него, сидя на коне, так что клочья пены с удил скакуна попали на одежду Инки. Но Атауальпа не дрогнул. Позже он приказал казнить тех придворных, которые выказали страх. Писарро же, следуя примеру Кортеса, который завоевал могущественную империю ацтеков, похитив императора, начал готовить засаду.