Применяемые многими Легионами поисковые отделения были, по ряду свидетельств, впервые использованы для этих целей Альфа-легионом. Несомненно, такие отделения, наряду со специальными отделениями разведки обычно присутствовали почти во всех боевых построениях Легиона. Альфа-легион сделал шаг вперед в рамках данной тактики, создав элитное подразделение, специально экипированное для быстрого и прицельного нанесения потерь за вражеской линией фронта, которое известно как «охотники за головами» или «Ифрит» — хотя второй термин мог относиться как к конкретному виду подразделения, так и к акту ликвидации и сеяния разрушения и хаоса в тылу посреди сражения. Предпочтение наносить высокоэффективные удары силами небольших элитных групп пехоты видно по тому факту, что отделения разрушителей (которые не терпели таких нападок, как в иных Легионах) и специализированные оперативники-саботажники Альфа-легиона также названы в ряде источников «Ифритом» и рассматриваются как пользующаяся уважением группа ветеранов Легиона.
Также Альфа-легион взял из древних мифов наименование «лернейцы». Похоже, что так называли наиболее опытные ударно-штурмовые части Легиона, в особенности приданные роты терминаторов и, в ряде источников, прорывные отделения и дредноуты. В частности, боевые записи о конкретных подразделениях лернейских терминаторов указывают, что те были экипированы усовершенствованными штурмовыми средствами телепортации и специализированным тяжелым вооружением, например, компактными конверсионными излучателями и генераторами фазового поля. Первоочередная задача лернейцев состояла в том, чтобы быстро изолировать и уничтожить наиболее сильные передовые части и мощные полевые активы, находившиеся в распоряжении противника, причем сделать это настолько демонстративно и кроваво, чтобы не просто ликвидировать возможную угрозу для атаки Альфа Легиона, но и еще сильнее подорвать боевой дух врага психологическим шоком от нападения. Лернейцы действовали с таким расчетливым зверством и хладнокровной жестокостью, что быстро стали известны и за пределами Альфа-легиона. В определенных источниках также перечислены другие именные и специализированные отряды, такие как «Ратосфен», «Шайтан», «Кварин» и «Ехидна», которые, если они вообще существовали на самом деле, остаются совершенно загадочными. Кроме того, присутствуют ссылки на «Хрисаор», что могло относиться к библиаруму Легиона (возможно, также включая более широкую структуру сбора информации), который, как подозревают, имел большую численность до Никейского Совета. Хотя считается, что Альфарий не присутствовал на Совете, он — по крайней мере, внешне — принудил свой Легион подчиняться его решению, что быстро прекратилось в ходе Ереси.
В вопросе структуры и возможностей Альфа-легиона важно использование им агентов и вооруженных бойцов из числа людей и аугментированных людей. Во время Великого крестового похода многие Легионы Космического Десанта применяли сборные подразделения Эксцертус Империалис для поддержки своих действий, а многие экспедиционные флоты использовали полки Империалис Ауксиллиа (или Имперской Армии), подчиненные в боевой структуре Легионес Астартес, но Альфа-легион задействовал обособленные подразделения, специально натренированные на шпионаж, проникновение и терроризм, которые были верны одному лишь Легиону. Этим агентам и оперативникам, работавшим индивидуально или как часть сети, зачастую было мало что известно друг о друге, а во многих случаях — и о личности их подлинных хозяев, однако все они были в равной мере хорошо обучены, психологически настроены на беспощадную и фанатичную верность, а также зачастую подвергались хирургическим или биохимическим усовершенствованиям для улучшения способностей. При контакте с мирами людей, которые надлежало привести к Согласию, эти улучшенные и высококвалифицированные агенты (называемые «спаратои», вероятно от древнего термина, который согласно ряду источников, означал «посеянные») шли впереди Легиона, внедряясь в ряды населения и выступая в роли шпионов, агитаторов и саботажников. Их основная роль состояла в распространении разлада, создании масштабной паники и нанесении ущерба инфраструктуре с целью критически ослабить врага перед тем, как в бой вступит сам Легион. Когда, наконец, Альфа-легион обнаруживал свои истинные намерения, спаратои и их сеть агентов-марионеток организовывали волну диверсий и ложных атак, еще сильнее дестабилизируя противника, зачастую — ценой собственных жизней. Очевидно, что еще до Ереси сеть спаратоев протянулась и внутри самого Империума и его вооруженных сил, став злокачественным образованием, которое проявилось лишь после вспышки гражданской войны. Невозможно подтвердить другие сообщения — о настоящих легионерах, которые неизвестным способом также внедрялись в ряды гражданских и даже нижние эшелоны других Легионес Астартес, маскируясь под них.