Таинственные воинские ложи, существовавшие в некоторых легионах Космического Десанта, представляли собой закрытые братства вне командной структуры легиона. Похоже, воинские ложи появились у Сынов Хоруса после первого контакта с Давином и ложами давинитских племен, на основании которых, как многие считают, они и были созданы. Вполне вероятно, что этот темный и трижды проклятый мир стал источником раковой опухоли, которая разрослась в самом сердце лучших воинов Империума. Известно также, что ложи были представлены во многих других легионах, скорее всего, эта практика распространилась от Сынов Хоруса, словно болезнь. Возможно, в усилении лож свою роль сыграло также влияние Несущих Слово Лоргара. Обычаи воинских лож сильно разнились не только между легионами, но и в отдельно взятом легионе также, во многом подражая секретным культам и тайным обществам, которые во множестве возникали за минувшие века.
Судя по тому немногому, что нам известно, за закрытыми дверьми члены ложи отбрасывали все различия в званиях и почестях. Между членами не существовало иных званий, кроме рангов и различий самой ложи. Старший капитан вполне мог считаться ровней человеку, находившемуся под его командованием. Простой сержант мог быть магистром ложи, ротный капитан — одним из его аколитов, а старший офицер — неофитом. Подобное нивелирование субординации и воинской дисциплины были возможны потому, что ложи связывали своих членов ритуалами и секретностью. Местом встреч ложи служили тайные комнаты, куда войти можно было только через одну дверь. Дверь охранялась, и внутрь мог попасть только тот, кто знал пароль или имел символ членства. Члены узнавали друг друга по использованию определенных предметов, отметок, жестов или зашифрованных фраз. Инициация в ложу была окутана символизмом и ритуальным значением. В некоторых ложах инициату завязывали глаза и снимали повязку только после окончания церемонии. В других ложах ему требовалось выпить чашу с кровью и чашу с прокисшим вином. В некоторых существовала запутанная система рангов, другие же ограничивались лишь несколькими основными.
Хотя члены воинских лож не почитали какого-либо бога или свод оккультных законов, их ритуалы и секретность не вписывались в бескомпромиссную рациональность Имперской Правды. К ним относились с недоверием, но терпели, поэтому ложи ширились и процветали. Частично они продолжали существовать потому, что многие считали их относительно безвредными, а частично из-за того, что они способствовали единению между братьями и легионами. Это была ошибка, последствия которой мало кто мог себе представить.
Точное расположение Сынов Хоруса на момент расправы на Истваане-3 остается неопределенным. Чистка четырех легионов была не импульсивным актом, а заранее спланированной бойней. Теперь нам известно, что Хорус планировал действия на Истваане-3 длительное время и мог сознательно на некоторое время скрыть местоположение и силу частей Сынов Хоруса от остального Империума, а свидетельства об ускоренном наборе в легион перед началом военных действий могут говорить о тайном наращивании сил. Таким образом, мы не можем наверняка говорить о количестве собранных на Истваане-3 воинов, как и о точной численности легиона до и после чистки. Вероятно, те, кто собрался на Истваане, представляли не только подразделения, которые могли отказаться последовать за примархом, но и значительный контингент, отправленный уничтожить тех, кто мог пережить бомбардировку планетарной поверхности. Основываясь на историях тех, кто их пережил бои на Истваане-3, вероятно, зачищенные подразделения представляли приблизительно треть легиона Сынов Хоруса. Записи, какими бы неполными они ни были, называют боевую мощь Сынов Хоруса приблизительно в 130000-170000 космических десантников перед расправой на Истваане-3. Хотя настоящая численность легиона могла быть выше, этот подсчет соответствует общим данным, согласно которым Сыны Хоруса являлись одним самых крупных легионов. В соответствии с записями, флот крестового похода легиона был одним из величайших под флагом одного человека, в его состав входило более сотни капитальных кораблей и, вероятно, в три раза большее число меньших крейсеров и эскортов под непосредственным командованием Хоруса. Учитывая вероятные потери в ходе наземной войны, последовавшей после бомбардировки Истваана-3, и части легиона Сынов Хоруса, которые отсутствовали в системе, можно предположить, что Хорус начал свою изменническую войну приблизительно с 70000-110000 космических десантников, причем доказательства указывают на то, что последняя цифра является более точной.