Д.В. Скворцов, как об этом говорят документы, не делал различия между своей основной портовой деятельностью и работой в Комитете и даже переписку по его делам осуществлял на своих министерских бланках главного корабельного инженера порта. Это приводило к трудноразличимому, а возможно, даже и умышленному смещению кругов деятельности двух ведомств – министерства и комитета. Это, как будет видно, приводило к прямым подменам в пользу Комитета и во вред министерству.
При такой сложной структуре и смещении функций должностных лиц, разбросанных по местам их основной службы, великий князь мог вершить свои дела совершенно бесконтрольно. Не тратился он и на совещания и обсуждения проектов. Понятно также, что малой части средств, что расходовались на содержание Комитета и его структур, с лихвой могло хватить на восстановление и усиление творческого и интеллектуального потенциала обескровленного и дезорганизованного во время войны Морского министерства. И тогда, возможно, нашлось бы кому вспомнить, что снаряды для практических стрельб эскадре З.П. Рожественского были нужны на Мадагаскаре, а не во Владивостоке, куда они были переправлены. Более осмысленными могли бы быть и другие решения.
Обособленность Комитета от структур Морского министерства и его фактически бесконтрольная (ревизионного подразделения не было) самостоятельная деятельность не способствовали консолидации и выбору прогрессивных типов кораблей и оптимальных технических решений.