В этом походе из состава 3-го дивизиона не принял участие ремонтировавшийся 'Капитан Сакен'. Флот был спасен от захвата немцами, но митинговая стихия забушевала с новой силой, когда стал известен приказ Совета народных комиссаров о потоплении кораблей. Флот раскололся. 'Революционный' экипаж 'Свободной России' за время стоянки в Новороссийске настолько поредел, что ему не хватало людей для поддержки пара в топках. Он, семь 'новиков' ('Пронзительный', 'Громкий', 'Поспешный', 'Фидониси', 'Гаджибей', 'Калиакрия', 'Керчь') и пять угольных миноносцев ('Заветный', 'Сметливый', 'Стремительный', 'Баранов' 'Шестаков') были потоплены 17-18 июня 1917 г. в Цемесской бухте.
К чести 3-го дивизиона (назависимо от продолжающихся споров: надо ли было топить корабли и почему их потопили не на мелком месте) остается сказать, что последним сохранившим свой экипаж кораблем вместе с 'Керчью' (командир старший лейтенант В.А. Кукель) остался основоположник серии – 'Лейтенант Шестаков'. Он под командованием своего последнего командира мичмана Анненского выполнил самый горестный акт совершавшейся на рейде трагедии – буксировку обреченных на потопление миноносцев к выходу из бухты. В А. Кукель писал об этом: 'Грустная и тяжелая картина – гавань вымерла, пусто, и только медленно идущие на буксире миноносцы, беспомощные, без признаков жизни на них, с отдельными мрачными фигурами, в количестве 5-6 человек на палубе, как зачумленные и обреченные на смерть, с которых все живое сбежало и от которых все сторонятся. Сильное впечатление производит эскадренный миноносец ” Гаджи б ей”, который, будучи взят на буксир, поднимает сигнал 'Погибаю, но не сдаюсь” и держит его все время'.
На кораблях были взорваны заложенные подрывные патроны, открыты кингстоны и клинкеты и отдраены иллюминаторы. ’Фидониси” и 'Свободная Россия” были потоплены торпедами ’Керчи”. ”Картина гибели корабля была столь величественна и тяжела, что почти у всех стояли слезы на глазах, многие сняли фуражки, и все мрачно и молча с грустными сосредоточенными лицами следили за происшедшим”.
Так революция покончила с Черноморским флотом, а с ним и с 3-м дивизионом. Оставшийся в одиночестве 'Капитан Сакен” успел еще послужить во флоте генерала Врангеля и участвовал в боях с красными. В составе каравана горя и отчаяния он в ночь на 31 октября 1920 г. покидал с остатками флота Севастополь, идя на буксире плавучей мастерской ’Кронштадт”, чтобы в далекой Бизерте найти свой последний приют. 5 лет (до 30 октября 1924 г.) продолжал развеваться славный Андреевский флаг. Оставшийся без надзора после ликвидации по решению правительства Франции Бизертской эскадры, корабль затонул в Бизертском озере и в 1930 г. был разобран.
19 июля 1916 г. эскадренный миноносец "Лейтенант Шестаков” находился в охране транспортов, идущих из Новороссийска в Батум. Транспорты растянулись ввиду того, что один из них буксировал баржу. Головным шла канонерская лодка "Кубанец”, концевым эскадренный миноносец "Капитан-лейтенант Баранов”, а эскадренный миноносец ”Лейтенант Шестаков” циркулировал по правому борту транспортов. В тот момент, когда ”Лейтенант Шестаков” был в конце колонны, около Э час, близ устья реки Шахе, на "Кубанце” произвели с левого борта выстрел и одновременно сигнал по трехфлажной книге: "Подводная лодка”. Сигнал был плохо виден, так как было далеко – около 30 каб и дым закрывал его. Все же на миноносце ”Лейтенант Шестаков” пробили тревогу и он, дав 16 узлов ходу, пошел вдоль линии транспортов вперед. Сигнал был разобран, но в то же время ничего подозрительного не заметили. ”Кубанец” слегка отклонился влево, а транспорты шли ему в кильватер.
Спустя 15 минут по носу на 45 градусов справа был замечен перископ кабельтовых в 5 – 6 от миноносца, был открыт огонь, и миноносец повернул на подлодку. Одновременно подлодка выпустила 2 мины, из которых одна шла непосредственно в ”Лейтенант Шестаков”, но не попала, так как миноносец увернулся, и мина прошла по носу и по левому борту в расстоянии 6-8 сажень. Хорошо ложились снаряды от кормового орудия: два у самого перископа, остальные вблизи. Лодка шла контркурсом миноносцу, который шел на таранный удар. Одновременно с огнем миноносца открыли огонь не ныряющими, а фугасными снарядами "Кубанец” и "Донец”. Вследствие того, что миноносец быстро сближался с подлодкой, снаряды канонерок ложились вплотную по носу и по корме миноносца. Когда форштевень подходил к перископу, с миноносца стали бросать бомбы, первую, когда миноносец был форштевнем у перископа (немного пройдя), вторую когда перископ был у шлюпбалок, и остальные в последовательности от взрывов предыдущих бомб. Сбросили 6 бомб. Ход у миноносца был около 8 узлов, так как не могли дать больше хода после циркуляции. Начиная от носового мостика до кормового, перископ шел по правому борту почти вплотную, а за кормой его уже не было видно.