Тем временем постройка корпусов кораблей, начатая одновременно 24 января 1906 г., быстро продвигалась вперед. На день официальной закладки 3 сентября 1906 г. корабли имели до 40% готовности (по отношению к полной стоимости постройки). Наибольшее продвижение 46,75% было на "Лейтенанте Шестакове", в корпусе которого установили около 100 т материала, включая и закрепленный 200-кг форштевень. В марте 1907 г. на всех четырех кораблях установили 1,7 т ахтерштевни, в июле-августе 3,4 т кронштейны гребных валов. Шла установка пиллерсов, машинных и котельных фундаментов, светлых люков, леерных стоек, якорных шлюзов. Начали навешивать рули, крепить румпеля, отводы гребных винтов.
В августе 1907 г. на "Шестакове" появилась и надпись названия корабля. Первым он и был спущен на воду. За ним последовали 1 сентября "Капитан Сакен", 16 октября "Лейтенант Зацаренный" и последний 23 октября "Капитан-лейтенант Баранов". От завода судостроительными работами на миноносцах руководил морской инженер (выпускник Петербургского политехнического института) С Т. Каменский, наблюдающими до апреля 1907 г. были корабельные инженеры А.А. Терентьев и В.Е. Карпов, а затем штабс-капитан корпуса корабельных инженеров А.Э. Влашимский.
Вместе с энергичной достройкой на плаву продолжалась корректировка целого ряда проекто-технических решении. В связи с решением об установке на миноносцах радиостанций наблюдавший за постройкой корабельный инженер взамен предусматривающихся по контракту легких (17 м от ватерлинии) мачт в 1907 г. спроектировал новые длиной 21 м, но и их в 1908 г. пришлось переделывать в связи с требованием заведующего радиотелеграфным делом в Черноморском флоте капитан-лейтенанта В.Н. Кедрина.
Только в мае 1909 г. после опытов на "Лейтенанте Шестакове" грот-мачту по его образцу высотой 16,3 м начали устанавливать на остальных миноносцах серии. Дополнительными были выстрелы для шлюпок, специальные сигнальные огни (быстроходных кораблей, адмиральский и кильватерный), барбеты и подкрепления под 75-мм орудия (взамен 47-мм). Металлическую мебель вместо уже начатой деревянной изготовили по образцам, разработанным корабельным инженером Н.И. Егоровым для 350-т миноносцев. Отделку жилых помещений усовершенствовали парусиновыми щитами на рамах по указанию главного командира Черноморского флота Р.Н. Вирена.
Увеличили емкости цистерн питательной и питьевой воды. Кроме ручной подачи 75-и 120-мм боеприпасов, заводом была изготовлена также и элеваторная с приводом от ручных лебедок. Менялся и способ покрытия верхних палуб кораблей. Предлагавшаяся по спецификации толстая просмоленная лаком парусина была признана непрактичной по опытам в Балтийском флоте, но только после официальной сдачи кораблей их уже начинавшие ржаветь палубы решили покрыть линолеумом.
В августе 1908 г. перешедший первым в Севастополь "Лейтенант Шестаков" начал ходовые испытания, но контрактной 25-уз скорости добиться не удалось. Диаметр винтов уменьшили с 2,83 до 2,5 м, а площадь развернутой поверхности каждого с 2,3 до 1,9 м . Но и с этими измененными винтами вступивший в испытания "Капитан Сакен" достиг лишь 22-уз скорости. Частота вращения составляла только 300 об/ мин., вместо контрактных 350-360. Советы из Петербурга известного инженер-механика В.И. Афанасьева помогли добиться лишь 310 об/мин., и обескураженный завод заявил, что "наши миноносцы вследствие своеобразного образования корпуса не соответствуют условиям для определения формы и размеров винтов".
Для привлечения к делу "авторитетов морской техники" в Петербург со всей документацией отправился представитель завода А.Н. Харкевич. Винты пришлось проектировать вновь, и лишь в мае 1909 г. скорость каждого корабля подошла к контрактной: 24,26 уз у "Лейтенанта Зацаренного", 24,4 у "Капитан-лейтенанта Баранова", 24,58 у "Лейтенанта Шестакова", 24,78 у "Капитана Сакена". Проектная (6500 л.с.) мощность была перекрыта на каждом корабле, составив соответственно 6963, 6675, 7136, 7310 л.с. В недостатке скорости повинна была и перегрузка. Водоизмещение кораблей на испытаниях, даже за вычетом "министерской", принятой на себя заказчиком перегрузки 16 т и с контрактным запасом угля составило от 639 до 645 т, вместо 605 по контракту. При полных угольных ямах (вместимость до 214 т) водоизмещение соответственно увеличивалось.