Число оппонентов Э. Уайт, несмотря на весь ее авторитет как лидера Церкви, увеличивалось в эти годы. Во многом этот факт адвентистские историки связывают с политическими процессами внутри Церкви. Борьбу против политики руководства на бюрократизацию Церкви, олицетворявшейся в лице президента ее Генеральной Конференции Дэниеллса некоторые связывали с борьбой против авторитета Эллен Уайт как олицетворением внутреннего единства Церкви. Не случайно главный оппонент Дэниеллса, не устававший вести непримиримую борьбу с Даниэллсом, А. Т. Джонс одновременно усомнился и в божественном вдохновении Эллен Уайт. Он обвинял Дэниеллса именно в том, что тот использует «свидетельства «миссис Уайт» как мощное оружие в своих корыстных целях, направленных на удержание единоличной, узурпаторской, диктаторской власти в Церкви. В своей работе «Немного истории, немного опыта и несколько фактов» Джонс подверг сомнению божественное вдохновение Эллен Уайт и ее пророческие способности на основании того, что в некоторых ее видениях и свидетельствах имелись противоречия и несоответствия с действительностью. Вскоре к Джонсу присоединились доктор Келлог и его сторонники, также сомневавшиеся в божественном источнике свидетельств Эллен Уайт (В. С. Сэдлер, Ч. Е. Стюарт, Р. Х. Харрис и др.). Так в рядах Церкви возникла оппозиция, направленная против учения Церкви о пророческих духовных дарах. Однако большинство лидеров Церкви и простых верующих отказались следовать за этими диссидентами и сохраняли свою преданность и верность Э. Уайт. Был издан специальный ответ, в котором последовательно рассматривались все обвинения в адрес Эллен Уайт, выдвинутые Джонсом и его коллегами и последовательно отвергались как несостоятельные. Главная же идея этого ответа – тот, кто отвергает веру в духовные пророчества, которая является фундаментальной частью адвентистского учения, которую в Церкви называют вестью третьего ангела, тот отвергает все учение, всю Божественную истину.237
Критицизм, направленный против пророческих духовных даров, и связанный с сомнениями в богодохновенной природе видений и посланий Эллен Уайт, в ее пророческом даре, был поставлен лидерами Церкви в один ряд с модернистским учением об эволюции, с пантеизмом и другими модными идейными течениями, с помощью которых, как писалось в те годы, сам сатана пытается разрушить истинную веру.
Одновременно с критикой взглядов и идей Джонса, Келлога и других недругов Э. Уайт через трибуну «Ревью энд Геральд» целый ряд ведущих адвентистских лидеров (Фрэнсис М. Уилкокс, Джордж А. Ирвин, Дэниел Х. Кресс и др.) защищали положение Эллен Уайт в Церкви как Божьего пророка, сравнивая ее с Самуилом, Илией, Иоанном Крестителем.
Эллен Уайт в то время находилась в весьма преклонном возрасте. Однако, несмотря на свои 82 года она приняла участие в работе Генеральной Конференции 1909 г. Невзирая на годы, она 14 раз проповедовала во время своей поездки из Калифорнии в Вашингтон. Сама Конференция проходила в период с середины мая по середину июня и практически каждый день она выступала перед делегатами. Она не уставала повторять о необходимости сохранения в Церкви единства. Большое внимание она уделила и практическим вопросам, например, настаивала на пересмотре позиции Церкви по отношению к евангелизации больших городов, которой Церковь, по ее мнению, до сих пор уделяла незначительное внимание. Сознавая, что ей уже, возможно, не придется больше участвовать в работе Конференции, она обратилась к присутствующим с напутственными словами о важной миссии как Церкви в целом, так и каждого находящегося в зале.
После конференции 1909 г. Эллен Уайт полностью посвятила себя созданию специального медицинского заведения Церкви в Лома Линде. Когда начала работать Генеральная Конференция 1913 г., она послала съехавшимся со всего света ее делегатам два послания, в которых она призывала их отбросить все сомнения относительно постоянного Божьего руководства жизнью Церкви. Перестав по причине возраста участвовать в конференциях и выездных встречах, Эллен Уайт не перестала участвовать в жизни Церкви. Только на этот раз она влияла на своих последователей не через устное, но печатное слово. Одна за другой выходили в свет ее книги, много оставалось в рукописях. Сама она неоднократно указывала на то, что ее книги и рукописи содержат все советы и наставления, необходимые для нормального развития Церкви и эффективной ее деятельности до конца времен. Она, в частности, писала: «Независимо от того, жива я или нет, мои книги будут говорить постоянно, и труд этот будет выполнять свое назначение до тех пор, пока не кончится время».