Крупные потери понесла Церковь в результате прихода к власти Гитлера и утверждения фашистского режима в странах, где были сильны позиции Церкви — в Германии, Австрии, Судетском районе Чехословакии. Последующий захват других стран фашистскими войсками еще более усилил эти потери. Потери же были связаны с людским ресурсом в первую очередь. Многие адвентисты европейских стран были арестованы, мобилизованы, эвакуированы. Запрещались молитвенные собрания, закрывались церковные школы. Голод, болезни, смерть в результате артобстрела или бомбежек – все это вело к увеличению потерь среди европейских адвентистов.
Столкнулась Церковь с проблемами и на Дальнем востоке. После агрессии японцев на Пирл Харбор от центрального руководства был отрезан дальневосточный дивизион. Многие европейского и американского происхождения адвентистские миссионеры и служители в Японии, Китае и других дальневосточных странах, попавших в орбиту японского влияния, были арестованы и заключены в концлагеря. В послевоенные годы, считают адвентистские историки, главные препятствия для нормализации деятельности Церкви за рубежом представлял коммунистический режим в тех странах, которые попали под его влияние. Адвентисты в СССР, странах социалистического лагеря, в Китае подвергались репрессиям, им запрещалось строить молитвенные дома, открывать школы; их заставляли работать по субботам; препятствовали их контактам с центральным руководством.
Вторая мировая война вновь поставила на повестку дня вопрос об отношении к военной службе. Особо остро он стоял перед Церковью в странах с тоталитарным режимом. В самой Америке медицинские корпусы были хорошей альтернативой ношению оружия в годы войны. Программа подготовки медработников из молодых адвентистов для служения в армии стала развиваться в США с 1934 г., когда в воздухе запахло порохом. В годы второй мировой войны в США действовало уже несколько таких адвентистских колледжей по медподготовке адвентистов призывного возраста для службы в действующих войсках. Аналогичные программы были внедрены и в старые медицинского профиля образовательные учреждения Церкви – в Колледже медицинских евангелистов в Калифорнии, в Вашингтонском миссионерском колледже в Мэриленде и даже в Адвентистской теологической семинарии. Адвентистские медбратья служили в боевых частях, спасая раненных. Известен подвиг такого нестроевого бойца-адвентиста Томаса Досса, спасшего в охваченной огнем Окинаве около 75 американских пехотинцев в мае 1945 г. За этот доблестный подвиг Томас Досс был 12 октября 1945 г. награжден самим президентом США г. Трумэном медалью Чести. Сохранилась подготовка молодых адвентистов в этом направлении и в послевоенные годы.241
Другой формой прохождения службы в армии для адвентистов явилось капелланство. Первым адвентистом-капелланом в 1943 г. стал Вильям Х. Берхэм, до того пастор Блайтэйльской конгрегации в Вашингтоне. Впоследствии в вооруженных силах США служило 25 таких капелланов, принадлежащих к Церкви адвентистов. Церковь направляла своих капелланов служить туда в вооруженных силах, где было много адвентистов.
В послевоенные годы, говорится в церковной историографии адвентизма, Церковь АСД столкнулась уже с проблемами гражданского характера. Так, война привела к резкому усилению роли профсоюзов на производстве. Церковь же стремилась предохранить своих членов от вступления в профсоюзы по той причине, что последние нередко придерживались тех принципов в своей политике, которых адвентисты должны были избегать. В итоге между лидерами профсоюзного движения, профорганизациями и Церковью был достигнут компромисс: адвентистам дозволялось работать на предприятиях, входивших в национальную ассоциацию профсоюзов, но не быть ее членами и соответственно не участвовать в ее акциях, собраниях и т.п., но платить все требуемые взносы.
В послевоенное время в Церкви АСД вновь на повестку дня вышел вопрос о формировании конференций по расовому признаку. В конце 1944 г. были образованы первые «негритянские» конференции, которые получили статус региональных. Однако по мере того, как послевоенное общество шло по пути демократизации и предоставления все больших прав и свобод чернокожему населению США, а также по причине низкой эффективности деятельности таких «негритянских» отделений Церкви, последние сами собой отмерли, а Церковь в 1961 г. постановила, что все чада Божьи имеют одну кровь и единое предназначение для вечной жизни и потому не должны быть делимы по расовым, национальным и иным аналогичным признакам.242