Поражение в Керчи было досадным и несло за собой тяжелые последствия для Севастополя. Поэтому Ставка отнеслась к этому чрезвычайно строго. В своей директиве от 4 июня 1942 года она указывала: «Основная причина провала Керченской операции заключается в том, что командование фронта — Козлов, Шаманин, Вечный, представитель Ставки Мехлис, командующие армиями фронта, и особенно 44-й армии — генерал-лейтенант Черняк и 47-й армии — генерал-майор Колганов, обнаружили полное непонимание природы современной войны…». Далее конкретно указывалось, в чем это выразилось. Командование Крымского фронта растянуло дивизии в одну линию, не считаясь с открытым равнинным характером местности, вплотную пододвинуло всю пехоту и артиллерию к противнику; вторых и третьих эшелонов, не говоря уже о резервах в глубине, не было создано, а потому после прорыва противником линии фронта командование не сумело противопоставить достаточные силы врагу, своевременно задержать его наступление, а затем и ликвидировать прорыв. Командование фронта в первые же часы наступления противника выпустило из рук управление войсками, ибо первым же налетом авиация врага разбомбила хорошо известные ей и длительное время не сменявшиеся командные пункты фронта и армий, нарушила проволочную связь, расстроила узлы связи. По преступной халатности штаба фронта о радиосвязи и других средствах связи забыли. Командование фронта не организовало взаимодействия армий и совершенно не обеспечило взаимодействия наземных сил с авиацией фронта. Отвод войск происходил неорганизованно.
В директиве давался анализ тактики врага, совершенно не разгаданной командованием фронта. «Противник, нанося главный удар против левого фланга фронта, — говорилось в ней, — сознательно вел себя пассивно против правого нашего фланга, будучи прямо заинтересован в том, чтобы наши войска на этом фланге оставались на своих позициях, и рассчитывая нанести им удар с выходом своей ударной группировки на тылы наших войск, остававшихся в бездействии на правом фланге. Когда же на второй день после начала наступления противника, учитывая обстановку, сложившуюся на Крымском фронте, и видя беспомощность командования фронта, Ставка приказала планомерно отвести армии фронта на позиции Турецкого вала, командование фронта и т. Мехлис своевременно не обеспечили выполнение приказа Ставки, начали отвод с опозданием на двое суток, причем отвод происходил неорганизованно и беспорядочно. Командование фронта не обеспечило выделения достаточных арьергардов, не установило этапов отхода, не наметило промежуточных рубежей отвода и не прикрыло подхода войск к Турецкому валу заблаговременной выброской на этот рубеж передовых частей».
Ставка резко осудила метод руководства войсками со стороны командования фронта и Л.3. Мехлиса. Называя этот метод бюрократическим и бумажным, Ставка считала его второй причиной неудач наших войск на Керченском полуострове.
«Тт. Козлов и Мехлис считали, что главная их задача состояла в отдаче приказа и что изданием приказа заканчивается их обязанность по руководству войсками. Они не поняли того, что издание приказа является только началом работы и что главная задача командования состоит в обеспечении выполнения приказа, в доведении приказа до войск, в организации помощи войскам по выполнению приказа командования. Как показал разбор хода операции, командование фронта отдавало свои приказы без учета обстановки на фронте, не зная истинного положения войск. Командование фронта не обеспечило даже доставки своих приказов в армии». Такой факт имел место с приказом для 51-й армии, ей было приказано прикрыть отвод всех сил фронта на Турецкий вал. Однако приказ даже не был доставлен командарму. «В критические дни операции командование Крымского фронта и т. Мехлис, вместо личного общения с командующими армиями и вместо личного воздействия на ход операции, проводили время на многочасовых бесплодных заседаниях военного совета».
Третьей причиной неуспехов на Керченском полуострове Ставка считала недисциплинированность Козлова и Мехлиса, которые нарушили указание Ставки и не обеспечили его выполнения, не обеспечили своевременный отвод войск за Турецкий вал. Опоздание на два дня с отводом войск явилось гибельным для исхода всей операции. Ставка строго взыскала с виновных, сняла их с занимаемых постов, снизила в воинских званиях. Ставка потребовала от командующих и военных советов всех фронтов и армий, чтобы они извлекли уроки из этих ошибок: