В книге 1936 г. Опарин излагает свою теоретическую схему шире, нежели ранее, используя философскую терминологию. К тому времени он уже прочел «Диалектику природы» Энгельса и цитировал эту работу в примечаниях, равно как и ранее опубликованный «Анти-Дюринг». Он отмечает, что в этих работах Энгельс «подвергает сокрушительной критике как теорию самозарождения, так и теорию вечности жизни» (с. 22). (В брошюре 1924 г. Опарин еще вкладывал положительный смысл в понятие «самозарождение», хотя и считал попытки обоснования этой теории достаточно грубыми.) Теперь Опарин говорит о том, что любые попытки объяснить «внезапное происхождение организмов» могут основываться либо на представлении о действии некой «божественной воли», либо «особой жизненной силы». Подобные взгляды, считает Опарин, «совершенно несовместимы с материалистическим мировоззрением» (с. 23). Напротив того, «жизнь не зародилась самопроизвольно и не существует вечно. Она возникла в результате длительной эволюции вещества, и это возникновение есть лишь определенный этап исторического развития материи» (с. 24).
Еще более показательным моментом существенных изменений, происшедших во взглядах Опарина, является его отказ от механистических представлений. Грубый материализм, убеждение в том, что все явления могут быть объяснены с помощью составляющих их элементов, становится теперь для Опарина предметом критики: «Все эти попытки объяснить жизнь тем или иным расположением атомов в молекуле органического вещества можно заранее считать обреченными на неудачу. Законы органической химии сами по себе еще недостаточны для разъяснения тех новых явлений, явлений более высокого порядка, с которыми мы встречаемся при изучении живой клетки» (с. 89).
И хотя теперь Опарин часто цитирует Энгельса, считая его высказывания по проблеме происхождения жизни весьма прозорливыми, он предпринимает также попытки собственной интерпретации и модификации формулировок Энгельса по этому вопросу. Когда Энгельс говорит о том, что «жизнь — это форма существования белковых тел», то эта формула, утверждает Опарин, вовсе не предполагает вывода о том, что «белок — это живая материя». Эту формулу, как считает Опарин, следует понимать в том смысле, что «именно в белковом веществе с его исключительными химическими особенностями заложены те колоссальные возможности для дальнейшей эволюции органического вещества, которые при определенных условиях обязательно должны были привести к возникновению живых существ» (с. 87). Подобная интерпретация вполне соответствует убеждению Опарина в том, что жизнь не является неотъемлемым свойством какой-то структуры, а представляет собой «поток материи», процесс. По его представлениям, структура имеет большое отношение к жизни, но, однако, смешивать наличие структуры с наличием самой жизни означает почти то же самое, что отождествлять замерзшую воду с текущей. Акцент на том, что жизнь — это процесс, на том, что это «координированные химические реакции», а не определенная структура, приведет со временем к спорам Опарина с представителями двух различных направлений: ультраортодоксальными диалектическими материалистами, желающими сохранить верность буквальному смыслу слова «белок», отражающему сущность жизни по Энгельсу, и молекулярными биологами, видящими сущность жизни в структуре нуклеиновых кислот и пользующимися для ее описания такими словами, как «модель» и «код», то есть словами, несущими статичный смысл.
Именно книга Опарина 1936 г. издания, переведенная на английский язык в 1938 г., принесла Опарину международную известность. Первое впечатление от знакомства с книгой заключается в выводе о том, что в ней он прежде всего хотел узаконить материалистический подход к изучению проблемы происхождения жизни. Как следствие этого, некоторые зарубежные исследователи высказали свое согласие с этим подходом в целом, отмечая свои расхождения с позицией Опарина в деталях. Так, например, в работе, опубликованной в 1929 г., Холдейн высказал гипотезу (противоположную Опарину) о том, что первоначально земная атмосфера была богата двуокисью углерода, и описывал первые «живые или полуживые существа» как, «возможно, огромные молекулы», не упоминая коацерваты, студень или гели. В этих моментах точки зрения Опарина и Холдейна расходились. Тем не менее гипотеза происхождения жизни получила название «гипотезы Холдейна — Опарина» (или Опарина — Холдейна), и до сих пор ее весьма часто называют именно так.