К этому же времени относится большинство философских сочинений Савонаролы и некоторые важные богословские. Мы считаем нелишним подробнее остановиться на этих его ранних сочинениях ввиду укорененности старого либерально-буржуазного предрассудка, видящего в Савонароле средневекового реакционера и мракобеса, хотя еще в прошлом веке известный исследователь П. Виллари вполне убедительно доказывал несостоятельность и нелепость подобных взглядов. В частности, П. Виллари писал: «Только тот, кто близко не знает Савонаролы, может подумать, что он как бы хочет возвратиться к средним векам, принести землю в жертву небу, жизнь гражданскую — церковной. Но тому, кто хорошо изучил его жизнь, его труды, он открывается таким, каким он был на самом деле. Он жаждал всего идеального в христианском смысле этого слова, настойчиво твердил современникам, что без добродетели, без самоотречения, без нравственного величия как отдельный человек, так и целое общество неминуемо идут к погибели. Окруженный учеными, философами, поэтами и артистами, между которыми насчитывалось немало горячих его последователей, он вовсе не был врагом итальянского Возрождения. Но он лишь ясно видел, чувствовал, чего недоставало этому движению и что впоследствии привело эту эпоху к гибели. Вере в добродетель, освящаемую религией и освящающую человеческую свободу, он посвятил всю свою жизнь и за нее умер. В итальянском Возрождении, существенную часть которого он составляет, Савонарола является фигурой героической, окруженной ореолом мученичества...» (27, X-XI).
Савонароле принадлежат четыре философских трактата, опубликованные как единое сочинение «Краткое изложение философии, морали, логики, разделение и достоинства всех наук». В них Савонарола вовсе не выступает закоснелым школьным аристотеликом и схоластом, хотя, конечно, влияние Аристотеля остается у него огромным. Савонарола признает исключительное значение опыта в познании. Всякое познание начинается с ощущения, поэтому в философии отдел, занимающийся миром чувственных вещей, должен предшествовать учению о мире, недоступном чувственному познанию. В основе всякого знания лежат, во-первых, данные чувственного восприятия и, во-вторых, первоначальные принципы, служащие основой всех опытных данных. Главная трудность заключается не в познании этих априорных первопринципов, а в установлении связи между первоидеями и первоначальными ощущениями.
В гносеологии, а еще более в этике Савонаролы можно констатировать как аристотелистские и фомистские идеи, так и сильное влияние неоплатонизма, воспринятое им при посредстве Марсилио Фичино и Платоновской академии. Вместе с тем Савонарола не является рабским последователем древних философов, единственным руководителем человеческого познания он признает разум и на основе этого естественного разума строит все здание христианской веры. Савонарола постоянно утверждает свободу и свободную волю человека и в своем теологическом трактате «О смирении и милосердии». В другом сочинении этого времени, «О молитве умной», он превозносит как высшую молитву молитву бессловесную, умную и говорит при этом о состоянии экстаза.