Когда костры были готовы, немцы приступили к массовому расстрелу заключенных. В первую очередь были расстреляны подносчики дров и строители костров. Расстрел происходил так. На подготовленную площадку костра немцы из полицейской команды СД силой оружия заставляли заключенных ложиться лицом книзу и в таком положении расстреливали из пулеметов и пистолетов выстрелами в затылок. Люди укладывались сплошными рядами на всю площадку костра. Когда вся площадка была заполнена расстрелянными, на них укладывался ряд поленьев, в результате чего образовывалась вторая площадка, на которую тоже поодиночке укладывались живые люди и расстреливались тем же путем. После расстрела заключенных, строивших костры, из лагеря приводились к кострам новые группы заключенных по 30–50 чел., которые тоже укладывались в 3–4 ряда слоями на костры и расстреливались. В первую очередь были расстреляны мужчины, а затем женщины. Здесь на кострах были расстреляны все больные, находившиеся в лагерной больнице, вместе с медперсоналом из числа заключенных. Из построенных четырех костров были использованы три. Площадка четвертого костра ввиду стремительного приближения линии фронта осталась немцами не использованной.
Одновременно с расстрелом заключенных на кострах производился расстрел заключенных внутри недостроенного деревянного здания площадью 8 х 18 м, находящегося в 200 м вне черты лагеря. К этому зданию приводили заключенных партиями по 30–50 чел. и в целях предупреждения побегов заставляли ложиться лицом книзу на землю. Отсюда поодиночке немцы вводили людей в барак, где заставляли ложиться на пол и расстреливали выстрелом в затылок.
После окончания расстрела около 10–11 часов вечера трупы на кострах и в здании были облиты нефтью и подожжены.
В то время когда костры и здание с расстрелянными уже горели, в лагерь была доставлена из Таллинской тюрьмы группа заключенных в 73 чел. – эстонцы и русские, которых немцы расстреляли в нижнем этаже лагерного общежития. Вместе с ними были расстреляны и 6 заключенных лагеря Клоога, пытавшихся спастись от расстрела. Всего, таким образом, в общежитии было расстреляно 79 чел., в их числе трехмесячный грудной ребенок вместе с молодой матерью.
Кроме того, были расстреляны 18 чел. заключенных во время попытки бегства от костров. Трупы их были обнаружены на расстоянии от 5 до 200 м в районе костров.
Свидетельскими показаниями установлено, что при расстрелах не все заключенные были убиты. Многие из них оказались только ранеными, и, как установлено медицинским освидетельствованием сохранившихся на кострах трупов, некоторые были сожжены заживо.
«Поздно вечером из леса поднялось пламя, а потом я увидела, как загорелся барак. В то время горели костры, от которых неслись стоны и крики людей».
«Около 10 часов вечера из леса поднялось пламя, а через полчаса загорелся барак. Вокруг горевшего барака ходили вооруженные люди, которые часто стреляли. Из горевшего барака доносились крики людей».
«Вскоре раздался как бы взрыв. Мы вышли из казармы и увидели, что барак, из которого раздавались выстрелы, горит. Тогда я опять вернулся в казарму. Через некоторое время я и другие охранники вышли. Барак был наполовину сгоревший, и оттуда доносились крики и стоны людей, которые то стихали, то усиливались».
Судебно-медицинская комиссия в составе 3 врачей, осмотревшая места расстрелов и сохранившиеся останки трупов, пришла к следующему заключению:
«Суммируя данные осмотра, врачебная комиссия находит, что в означенном лагере массовые убийства заключенных производились главным образом выстрелами из огнестрельного оружия в головы жертв. По записанным в акте положениям трупов и по другим признакам убийства совершены выстрелами с близкого расстояния в затылок убитого, находившегося в лежачем положении.