Массовые казни заключенных начались почти одновременно с началом деятельности лагеря. Местом расстрела, казни был избран вырытый в 1941 г. на оборонных работах танковый ров около Рижского шоссе, в 6 км от г. Тарту. Приговоренных к казни возили на место в автобусах, куда помещалось сразу 30–40 чел. Перед автобусом ехала автомашина, в которой помещались палачи, команда, которая также состояла из 30–40 мужчин, во главе с немецким офицером. По заявлениям свидетелей установлено, что на казнь возили ежедневно – до 7 раз в сутки. Арестованных советских людей привозили на место по большей части полураздетыми, что доказано актами, составленными при выкапывании трупов из танкового рва. После прибытия на место арестантов, руки которых были связаны на спине, кроме того, еще соединены общим канатом, ставили их на колени на краю рва, после чего бывший при них офицер читал приговор военного суда, которого в действительности никогда не было. Приговор был всегда один и тот же:
«за установленные военным судом злодеяния суд приговорил вас к смертной казни», после чего короткий приказ «огонь», и арестантов казнили расстрелом в затылок. По установленным эксгумацией обстоятельствам можно заключить, что, так как арестованные были привязаны друг к другу, отчасти их зарывали живыми, так как на выкопанных трупах иногда не находили пулевых ранений.
Показаниями свидетелей установлено, что только в 1941 г. казнено немцами 7000–8000 чел. Так как расстрелы, особенно вначале, совершались ночью и продолжались до февраля месяца 1942 г. и считая длину танкового рва, куда хоронили несколькими слоями, можно заключить, что в танковом рву в Тарту казнили около 12 000 чел. Позднее совершали расстрелы около городского еврейского кладбища, что также установлено расследованием.
Зимою, когда земля замерзала, оставляли трупы расстрелянных не захороненными во рву и хоронили их следующей весной. Жертвами палачей были не одни мужчины и женщины, но не щадили и старцев, и даже маленьких детей. Выкапыванием, а также показанием свидетелей расследование установило жестокую казнь детей. По показаниям свидетелей, зимою 1941/42 г. возили на казнь детей на двух автомашинах, из них в первом случае дети в возрасте 6-12 лет, во втором случае – младенцы. Свидетель видел, как несли детей на руках на край рва и казнили. Свидетель ФРИДЛАНД был очевидцем крайне жестокого факта, когда грозный палач держал ребенка за ногу, головой вниз, а другой палач, стоящий рядом, стрелял ребенку в голову. Так как смертная казнь в отношении детей совершилась зимой, весеннее половодье унесло их трупы в шоссейные и полевые канавы, откуда их позднее отчасти собирали и хоронили, отчасти производили похороны местные жители.
Немецкие фашисты, страшась ответственности за совершенные массовые казни, старались повсюду скрывать следы злодеяний. Поэтому и в Тарту в ноябре 1943 г. началось приготовление к сокрыванию следов злодеяний. Для этого выгнали всех граждан, проживающих вблизи танкового рва, из своего местожительства и привезли особую немецкую команду вместе с 75–80 пленными из Чехословакии и Польши, которые были по большей части еврейской национальности. Началось раскапывание танкового рва, вынимание жертв расстрелов и их сжигание. Для этого клали трупы на костер, заливали бензином или керосином и зажигали. Такое зажигание костров началось в декабре 1943 г. и продолжалось по апрель 1944 г. Рабочими были названные пленные, с которыми немцы обращались крайне жестоко. Привязанные друг к другу, они, страдая от мороза и недостаточного питания, работали до бессилия. В случае, если один из них заболел или изнемогал, того на месте расстреливали. Так, установлен факт, что немец из сторожевой команды расстрелял на месте 3 пленных по причине, что они заболели и не могли работать.
Выкапывание и сжигание дальше от шоссе совершалось вначале публично, но, приближаясь к шоссе и чтобы скрывать свою деятельность, преградили ров высоким забором, который по мере продолжения работы перевозили дальше. Так продолжалось сжигание трупов целиком 4–5 месяцев, в продолжение которых могли выкапывать и сжигать трупы на всем протяжении танкового рва, т. е. 800 м длиною. Кроме того, произвели раскапывание на находящемся около Ряпинской дороги кладбище, где также сжигали выкопанные трупы.
После окончания работы осталось от производящих работу пленных лишь 22 чел., которых, чтобы истребить свидетелей совершенных злодеяний, казнила сторожевая команда самым жестоким образом. Окончив назначенную для этих несчастных жуткую работу, погнали их вечером в находящуюся вблизи танкового рва крестьянскую баню, окна и двери которой завязали колючей проволокой, баню облили бензином или керосином и утром зажгли. В бане сгорели все 22 пленных.