Наибольшие разногласия вызвало утверждение о том, что «ученик, которого любил Иисус» (автор Евангелия, согласно 21:24), и Иоанн, сын Зеведея, — одно и то же лицо. Упоминания о нем появляются только ближе к концу текста (13:23; 19:26 и дал.; 20:2–10). Некоторые комментаторы даже не уверены в том, что этот «ученик» существовал на самом деле, так как им кажется сомнительным, что кто–нибудь стал бы выделять себя или других таким образом. Эти сомнения не имеют под собой никаких оснований. Мы не можем знать наверняка, как люди относятся друг к другу и как они могут друг друга называть. Хотя такая характеристика и кажется необычной, она указывает на очевидное желание автора не называть своего имени. В то же время он, возможно, стремился показать нам, какие чувства питал к нему Иисус. В Евангелии нет прямых указаний на то, что этот ученик и Иоанн — одно и то же лицо (хотя это, несомненно, подтверждается внешними источниками, как мы увидим далее). Однако удивительно, что Иоанн, сын Зеведея, не называется больше нигде в тексте, кроме 21:2, в то время как остальные, менее значительные ученики, упоминаются вполне регулярно (1:40,43,45; 6:5,8; 11:16; 12:21; 14:5,8,22). Также для этого Евангелия характерно упоминание о «возлюбленном ученике» одновременно с упоминанием имени Петра (20:2–10; 21:20–24). То же самое наблюдается в Деяниях святых Апостолов (3:1–11; 4:1—23; 8:14—25). Трудно не заметить при чтении Евангелия зрелость суждений, и это служит доказательством того, что Иоанн дожил до почтенного возраста. В этом Евангелии выделяются также места, схожие с теми, которые встречаются в трех посланиях Иоанна в Новом Завете: «О том… что видели своими очами, что рассматривали, и что осязали руки наши, о Слове жиз–ни»(1 Ин. 1:1). Если это Евангелие написал не Иоанн, сын Зеведея, то кто же тогда был этот ученик, столь любимый Иисусом и написавший это замечательное Евангелие, а затем бесследно исчезнувший и не оставивший о себе никаких сведений, кроме имени: «ученик, которого Иисус любил»?
Первым значительным комментатором того времени был Ириней Лионский, живший во второй половине II столетия. Он сообщает, что Иоанн, ученик Господа, написал это Евангелие, когда находился в Эфесе, и что этот ученик дожил до времени правления императора Траяна (98 г. н. э.). Евсевий пишет, что Ириней опирался на сведения, полученные от старого пресвитера Поликарпа, который был знаком с апостолами и лично с Иоанном. Свидетельства Иринея покажутся еще более важными, если мы вспомним, что в период своего служения в Лионе он находился в тесном контакте с крупнейшей церковью в Риме, поэтому имел весьма обширные связи, и Поликарп был не единственным человеком, который мог рассказать ему об Иоанне.
Мнение Иринея об авторстве Иоанна безоговорочно разделяли и другие известные личности II в., такие, как Тертуллиан, Климент и Ориген. Последний был, к тому же, автором одного из ранних и наиболее известных комментариев к этому Евангелию. В опубликованном во времена Иринея
То, что начиная со II в. церковь полностью признала Евангелие от Иоанна, может показаться нам удивительным, когда мы узнаем о существовании двух проблем, связанных с этим Евангелием. Первая из них заключалась в том, что еретики и гностики первой половины II в. использовали цитаты из Евангелия в своих целях. Они утверждали, будто обладают секретными знаниями о Боге (греч.